Қазақстан Республикасының Президенті Ассамблеяны құрады және қайта ұйымдастырады, Ассамблея қызметінің бағыттарын айқындайды, Ассамблея басшылығының лауазымды адамдарын қызметке тағайындайды.
Қазақстан Республикасының Тұңғыш Президентіне — Елбасына Қазақстан халқы Ассамблеясын өмір бойы басқару құқығы тиесілі. Ассамблеяның құрылымын Ассамблея Сессиясы, Ассамблея Кеңесі, Ассамблея Хатшылығы, облыстардың (республикалық маңызы бар қаланың, астананың) ассамблеялары құрайды.
Ассамблея Сессиясы – Ассамблея мүшелерінің жиналысы Ассамблеяның жоғары басқарушы органы болып табылады. Сессияны Қазақстан Республикасының Президенті қажеттілігіне қарай, бірақ жылына кемінде бір рет шақырады. Кезекті Сессияны шақыру туралы өкім кезекті Сессияның еткізілетін күні, орны жене күн тәртібі көрсетіліп, ол басталғанға дейін отыз күннен кешіктірілмей қабылданады, бұл туралы ресми бұқаралық ақпарат құралдарында хабарланады. Кезектен тыс Сессия Ассамблея Төрағасының, Ассамблея Кеңесінің бастамасы бойынша немесе Ассамблея мүшелері жалпы санының кемінде үштен бірінің өтініші бойынша шақырылады жене оны өткізу туралы шешім қабылданған күннен бастап бір ай мерзімде өткізіледі.
Ассамблея тарихында 18 сессия өткізіліп, онда қоғам өмірінің маңызды мәселелері мен мемлекет дамуының негізгі бағыттар талқыланды. Сессиялар аралығындағы кезеңде Ассамблеяны басқаруды Қазақстан Республикасы Президентінің шешімімен құрылатын Ассамблея Кеңесі жүзеге асырады. Кеңестің құрамын Қазақстан Республикасының Президенті бекітеді. Қазақстан халқы Ассамблеясының жұмыс органы оның Хатшылығы дербес құрылымдық бөлім ретінде Қазақстан Республикасы Президенті Әкімшілігінің құрамына кіреді. Ассамблеяның және облыстар (республикалық маңызы бар қаланың, астананың) ассамблеяларының құрамы - этномәдени және өзге де қоғамдық бірлестік өкілдерінің, мемлекеттік органдар өкілдерінің және олардың қоғамдағы беделі ескеріле отырып Қазақстан Республикасы азаматтарының қатарынан қалыптастырылады. Қазіргі уақытта Ассамблеясының құрамында 390 мүше бар. Ассамблеяға мүшелікке кандидатуралар облыстардың этномәдени және өзге де қоғамдық бірлестіктерінің ұсыныстары негізінде облыстардың (республикалық маңызы бар қаланың, астананың) ассамблеялары сессияларының шешімі бойынша, сондай ақ республикалық, өңірлік этномәдени және өзге де қоғамдық бірлестіктердің жоғары органдарының шешімі бойынша ұсынылады. Ассамблея қызметін ғылыми сүйемелдеу үшін Ғылыми-сарапшылық кеңес құрылып, қызмет атқаруда. Ғылыми-сарапшылық кеңестің құрамына Қазақстан Республикасы Парламентінің депутаттары, этномәдени бірлестіктердің, ғылыми және білім беру ұйымдарының өкілдері, сондай-ақ ғалымдар, тәуелсіз сарапшылар мен мамандар кіреді. Этносаралық мәселені жариялаудың ерекшелігі ескеріле отырып Қазақстан халқы Ассамблеясы жанынан Журналистер мен сарапшылар клубы құрылған. Клуб жұмысының басты бағыты журналистер мен сарапшылар үшін этносаралық тақырыпты жариялаудың лайықты дәстүрін қалыптастыру, сондай-ақ Ассамблея мен БАҚ арасындағы байланысты тереңдету болып табылады. Барлық аймақтарда Достық үйлері өз жұмысын тиімді атқарып келеді, Мемлекет басшысының тапсырмасымен Астана қаласында – Бейбітшілік және келісім сарайы салынды. Мұнда жыл сайын Қазақстан халқы Ассамблеясының сессиялары, әлемдік дәстүрлі діндер съездері, өзге де маңызды іс-шаралар өтеді.
