Алаш автономиясының облыстары мен үйездерінде Алашорда Кеңестерін құру, земство жұмысын жаңғырту, қазақ соттары мен тергеу комиссияларын тағайындау, Алашорда жанынан Әскери кеңес құру шаруалары жүргізілді. Омбыдағы Уақытша Сібір үкіметіне 1918 жылғы 10 шілдеде қазақ автономиясын тану және онымен қызметтестік келісімдерге келу жөнінде хат берілді. Арнайы комиссия құрып, бірлесіп атқаратын шаралар кешенін қарастыру көзделді.
Осы айда Сібір үкіметіне «Алашорда өз армиясын Бүкілресейлік армияның құрамдас бөлігі» деп есептейтіні хабарланды. Ал 12 тамызда Алашорда Әскери бөлімінің басшысы капитан Хамит Тоқтамысов үкіметке Семейде құрылған бірінші Алаш атты әскері (38 офицер, 750 атты жігіт) оқып-жаттығуға кіріскенін, ал Павлодар, Зайсан, Қарқаралы, Өскеменде жиналған жігіттердің (барлығы 850) «қаржы, қару, киім-кешек және нұсқаушылар» болмауы себепті бос отырғандарын хабарлады. Сол күні Сібір армиясында берілген бұйрық бойынша «қазақ қарулы күштерін құруға байланысты мәселелерді шешу» Дала корпусы командиріне жүктелді. Бірақ Алашорда төрағасының міндетін атқарушы Мұхамеджан Тынышбаев пен Тоқтамысов 18 тамызда өзара алмасқан хабарға қарағанда, «алыс болыстардан, тіпті басқа үйездерден жігіттер келіп жатыр», бірақ милиция ұстауға қажет «қаржы таусылды. ...Шарасыздық ахуал қалыптасып тұр»...
Бүкілресейлік Құрылтайшы жиналыс мүшелерінің комитеті (Комуч) 1918 жылғы шілдеде Самара қаласында Алашордамен (Әлихан Бөкейханов, Мұстафа Шоқаев бастаған өкілдермен) әскери-саяси одақ шартына қол қойды. Алашорда Комучпен бірге Уфа қаласында Уақытша Бүкілресейлік үкімет – Уфа Директориясын құрған 1918 жылғы 8–23 қыркүйектегі Мемлекеттік мәжілістің жұмысына қатысты. Ертеңіне, 24 қыркүйекте (құжаттарда ескі күнтізбемен 11 қыркүйек деп көрсетілген), Мемлекеттік мәжіліске қатысқан Алашорданың үкімет мүшелері (Әлихан Бөкейханов, Уәлитхан Танашев, Халел Досмұхамедов, Жанша Досмұхамедов, Ахмет Бірімжанов, Әлімхан Ермеков, Мұхамеджан Тынышбаев) өз отырысын өткізді. Онда Алаш аумағындағы жергілікті басқаруды ұйымдастыру және Алашорданың Батыс бөлімшесін құру туралы мәселе қаралды. 11 баптан тұратын қаулы қабылданды. 5-бапта «Соғыс уақытына және қатынас жолдарының нашарлығына байланысты, Алаш автономиясының Бөкей ордасы, Ойыл уәлаяты, Закаспий облысының Маңғыстау үйезі, Торғай облысының Ақтөбе және Қазақ үйездері кіретін батыс бөлігін іс жүзінде басқару үшін Алашорданың батыс бөлімі құрылады» деп тұжырымдалған. Кейбір зерттеушілер бұл қаулымен «Ойыл уәлаяты таратылды» деп жаңсақ пайымдап жүр, керісінше, байқалып тұрғандай, Ойыл уәлаяты – Батыс бөлімнің құрылымындағы әкімшілік аумақтардың бірі. Ал бұрынғы Ойыл уәлаяты үкіметінің құрамы жаңадан қосылған аумақтардың басшы қайраткерлері есебінен ұлғайып, Батыс бөлімшені басқаратын үкіметке айналды. Жаңа құрамға Жанша Досмұхамедов, Бақтыгерей Құлманов, Халел Досмұхамедов, Есен Тұрмұхамедов кірді және ол аумақтағы қазақ емес, халықтың өзі сайлайтын тағы екі өкілмен толықтырылатын болды. Осылай төтенше жағдайларда Алашорданың барлық құқықтарын пайдалана алатын Батыс Алашорда үкіметі жасақталды.
Уфадан Омбыға келген Уақытша Бүкілресейлік үкімет «жақын кезеңге барлық мемлекеттік басқару органдарын біртұтас министрлер кеңесіне бағындыру қажет» деп тауып, 1918 жылғы 4 қарашадағы пәрменімен «Алаш үкіметі – Алашорда өмір сүруін доғарды» деп қаулы етті. Сол пәрменмен «Ерекше ереже негізінде Қазақ ұлыстарының мәдени-тұрмыстық және экономикалық мұқтаждықтарына қатысты барлық мәселелер қарамағында болатын Алашты басқару жөніндегі Бас уәкіл лауазымы» тағайындалды. Осы жайтқа орай Алаш автономиясын қолдамайтын автор «ИКС» деген бүркеншік атпен Семейде шығып тұрған «Свободная речь» газетінде: «Біз сұлтан Бөкейханов Қазақ өлкесін басқару жөніндегі бас уәкіл болып тағайындалады деп естідік», деп бастап, «мәдениеті жоқ халыққа» автономия беру «құрдымға апаратынын», алашордашылардың «қарулы қылмыскер элементтері автономияға қарсы қазақтарды – большевик деп қатаң жазалап жүргендерін» жазды. «Бөкейханов мырза ешқандай да барша қазақ халқының ерік-жігерін білдіруші емес», деп түйді. Бөкейхановты «қазақ халқын басқаруға басты уәкілдік берілген адам етіп тағайындау – сұр қасқырға табын тағдырын ұстатқанмен бірдей» деді. Оның «1748 жылы хандық лауазымға таласып, ...билеушіні зұлымдықпен өлтірген Орта Ордадағы танымал сұлтан Барақтың тікелей ұрпағы» екенін еске салып, «Алашорда төрағасы» және «Алашты басқару жөніндегі бас уәкіл» терминдері қазақтар үшін «басқаша тұздықталған баяғы хан лауазымы» болып шығатынын айтты. Дегенмен Әлихан Бөкейхановтың ел ішіндегі де, саяси қайраткерлер арасындағы да беделі өте жоғары еді. Бөкейханов басқарған «Алашорда» Халық Кеңесі өз қызметінде Сібірдегі билікке үміт артты. Адмирал Колчак «Үкімет Жаршысы» газетінің 1918 жылғы 20 қарашадағы нөмірінде жариялаған халыққа арналған үндеуінде: «Бүкілресейлік Уақытша үкімет 1918 жылғы 18 қарашада ыдырап кетті. Министрлер кеңесі билікті толығымен қабыл алды да, маған, орыс флотының адмиралы Александр Колчакқа берді, – деп хабарлап, алдағы жоспарын былай тұжырымдаған-ды: – Азамат соғысының және мемлекеттік тұрмыстың толығымен іріген өте қиын жағдайында осы билік азабын мойныма ала отырып, өзімнің басты мақсатым: халық басқару түрін өзіне кедергісіз сайлап ала алатын болу үшін ...шайқасқа қабілетті армия құру, большевизмді жеңу және заңдылық пен құқықтық тәртіп орнату, сөйтіп ...бостандықтың ұлы идеяларын жүзеге асыру». Мұндай мәлімдеме ниетіне үйлесіп тұрғандықтан, Алашорда Колчак билігімен байланысқа мән беріп қарады. Мақсатты қарым-қатынас жасаудың арқасында Жоғарғы билеуші адмирал Колчактың пәрменімен Ресей үкіметі (Ресей Мемлекетінің үкіметі, Колчак үкіметі) кеңсесінде арнайы комиссия құрылды да, онда қазақ халқының ведомствоаралық жайғастырылуы қаралмақ болды. Мәселемен комиссия 1919 жылғы 11 ақпандағы отырыста алдын ала танысты. Мәжіліске Алашордадан Әлихан Бөкейханов, Уәлитхан Танашев және Айдархан Тұрлыбаев қатынасқан. Сонда Бөкейханов Алашорданың пайда болуы және алға қойған мақсаттары жайында дәйекті әңгіме қозғап, ел ішіндегі сот, жер-су, армия ұйымдастыру, т.б. мәселелердің бірінші кезекте қаралуын сұрады. «Қазақ халқында сепаратшылдық ой жоқ, ол Ресейден бөлінуді қаламайды. Біз – батысшылдармыз, – деді ол. – ...Біз мұнда бір ғана тілекпен – елдің құрылтайшы яки ұлттық жиналысқа жетуіне қажет тәртіп орнатуға атсалысу мақсатымен келдік». Танашев 1918 жылдың 4 қарашасындағы пәрменді еске алды. Соған сәйкес өздерінің «Қазақ халқының өкілдік органы туралы ереже» және «Алашорда бойынша бас уәкіл туралы ереже» жасайтын комиссиялар ұйымдастырылады деп күткендерін, ал Жоғарғы билеушінің пәрменімен құрылған мына комиссияның алға қойған міндеті қандай екенін білмей тұрғандарын айтты. Өздерінің «Алашты басқару үшін сот қажет, жер мәселесін шешу керек, милиция және басқа жайттар қаралуға тиіс» екенін айтып отырғандарын, соларды қарастыру осы комиссияның құзырына кіре ме, жоқ па – соны айқындап алған жөн болмағын аян етті. «Бас уәкіл туралы мәселе... біз үкіметте дайындалған ереже бар болар деп ойлаған едік» дей келе, бұл тарапта өздерінің Алашорда бойынша Бас уәкілді – Генерал-губернатор құқықтары берілген немесе Индиядағыдай статс-секретарь мәртебесіндегі құқықтары бар тұлға болуға тиіс деп ойлайтындарын естіртті.
Алашорданың түрлі салада Омбыға елеңдеуі жалғасып жатты. Мәселен, Ұлт кеңесіндегі саяси қызметімен қатар Мұхамеджан Тынышбаев экономика және тұрмыс мәселелерімен шұғылданған еді. 1919 жылғы наурызда Семей земство басқармасы құрылыс-техникалық бөлімінің меңгерушісі ретінде Сібірдегі Омбы, Том, Новониколаевск (Новосібір) қалаларын іссапармен аралап, үйезде салынбақ мектептер мен емханалар құрылысына қажет материалдар алды. Ал 1919 жылғы 16 сәуірде «Жетісу облысы қазақтарының уәкілі, 2-ші Мемлекеттік думаның мүшесі, (Львов пен Керенский үкіметі) Түркістан комитетінің мүшесі, Түркістан автономиясы Министрлер Кеңесінің төрағасы, Алашорда мүшесі, Жетісу және Сырдария облыстарындағы ашыққан қазақтарға көмек көрсету жөніндегі комитеттің төрағасы, қатынас жолдары инженері Мұхамеджан Тынышбаев» деп қол қойып, Алаш (Заречная слободка) қаласынан Жоғарғы билеушіге Жетісу облысы қазақтарының ауыр халі жайында үлкен баяндама жолдап, большевиктерден азат етілген аудандардағы ел-жұртқа көмектесу үшін жеті бапқа тізілген (астық, шаруашылық құрал-жабдықтарын, құрылыс материалдарын, дәрі-дәрмек, қаржы бөлу және қазақ интеллигенциясын қудалауды тоқтату жөнінде) көмек көрсетуді сұрады. Сол жылғы жазда Жоғарғы билеуші Александр Колчак Омбыдағы ордасында Орал казак әскері мен Жайық сырты қазақтарының өкілдерін қабылдап, өтініштерін тыңдады, көтерген мәселелерін өзінің кеңесінде шұғыл қарайтынын мәлімдеді. Қазақ өкілі Жоғарғы билеуші Колчакқа «Құрметті ақсақал атағын беру туралы» съездің қаулысын табыс етті. 1919 жылғы 7 маусымда Жанша Досмұхамедов Жымпитыдан Александр Колчакқа жолдаған хатында Қазақ өлкесінің большевиктер Орынбор–Ташкент темір жолы бойын алуына байланысты іс жүзінде теңдей екі жартыға – шығыс және батыс бөлікке бөлініп қалғанын, осы екі бөлік арасындағы «байланыс қиындап кеткендіктен, Алашорда Қазақ өлкесін басқару ісін уақытша Шығыс және Батыс бөлімшеге бөліп жүргізуге мәжбүр болғанын айтты. «Алашорданың Батыс бөлімшесінің салыстырмалы түрде қарағанда Шығыс бөлімшеден интеллигенттік күштері молырақ болғандықтан, тиісінше қол жеткізген табыстары да артығырақ болды», деп, нақты мысалдар келтірді. Азаматтық басқару саласы бойынша өз аумағында земстволық және қалалық өзін-өзі басқару істерін жолға қоюды аяқтады. Сот жүйесін жасады. Басқарудың полициялық бөлігін де реттеді. Қарулы күшті ұйымдастырып, жасаудағы қиындықтарды жеңу үшін «қазақ тілін, тұрмысы мен әдет-ғұрпын, психологиясын» білетін офицерлер қажет еді, сондықтан Бөлімше әскери мектеп ашты, қазақ прапорщиктерінің алғашқы түлегі даярланып та қойды. Бірінші полк жасақталды, бірақ әскери бөлімдерді ойдағыдай құруға қару-жарақ, қаржы жетіспейді. Еш жақтан ешқандай материалдық көмек алмағандықтан, Алашорда өз әскери бөлімдерін тек жергілікті халықтың қаражаты есебінен ұстауда.
Алайда азамат соғысының от-жалыны шиеленістірген саяси жағдай, жер-жерде кеңес өкіметінің нығая бастауы Алаш автономиясы үкіметінің жұмысын мүлдем қиындатты. Алашорданың Торғай облыстық бөлімшесінде «совет өкіметіне қарсы күресіп жүрген Ахмет Байтұрсынов және басқалар», Торғай губерниясының Әскери комиссары Токарев Предсовнарком Ленинге (көшірмесі ВЦИК пен Соғыс істері халкоматына) жолдаған жеделхатқа қарағанда, «совет өкіметін мойындауға мәжбүр болды. ...Байтұрсыновты Торғай үйездік совдеп төрағасы Қаралдин ...Жангелдин жолдасқа ертіп кетті». Ахмет Байтұрсынов (ыңғайы, Орталық Алашорданың тапсырмасын алғаннан кейін) кеңес өкіметімен келіссөз жүргізу үшін Дала өлкесінің Төтенше комиссары Әліби Жангелдинмен бірге Мәскеуге аттанды. Жангелдин Әскер-революциялық кеңеске (РВС), Бүкілресейлік Бас штабқа, Соғыс комиссарлары Бюросына берген баяндамасында «...қантөгіс болдырмау үшін Дулатовтың шайкасы және... жасағы совет өкіметін мойындады... басшыларының бірін, атап айтқанда көрнекті қазақ әдебиетшісі ретінде Байтұрсыновты маған қосып Мәскеуге жіберді. ... Байтұрсынов қазір менімен бірге Мәскеуде» деп көрсеткен. Байтұрсыновтың сапары сәтті болды. Бүкілресейлік Орталық Атқару Комитеті (ВЦИК) 1919 жылғы 4 сәуірде арнайы қаулы шығарып, алашордашыларды кеңес өкіметіне қарсы күрескендері үшін жазаланудан азат етті, яғни оларға мемлекеттік билік органы атынан амнистия (болған жайтты ұмыту, кешіру шарасы) жарияланды. 1919 жылғы 10 шілдеде Ахмет Байтұрсынов Қазақ өлкесін басқару жөніндегі Революциялық комитеттің (Қазревкомның) құрамына енгізілді. Ревкомда ел мүддесін көздеген бірқатар жұмыс атқара келе, 1920 жылғы 4 сәуірде ол «ғасырлар бойы езгіде болып келген қазақ халқын азат етудің жолдарын көп уақыт бойы іздеуден кейін... таптар мен ұлттарды толық азат етуді өзінің алдына тікелей мақсат етіп қойған және оны ішінара жүзеге асырған интернационалдық Коммунистік партия... ...бағдарламасын жүзеге асыруға көмектесу үшін Россия коммунистік большевиктер партиясына өтуге шешім қабылдадым» деп, РК(б)П Орынбор комитетіне өтініш тапсырды. Қазревком 1919 жылғы 15 қыркүйектегі отырысында «ақгвардияшылар жағында әрекет етіп жүрген, басында Досмұхамедов тұрған оралдық алашордашы қазақтарды Совет өкіметі жағына тарту үшін» арнайы қаулы қабылдап, «ревком мүшелері Байтұрсынов пен Тұнғаншин жолдастарға өз аттарынан Досмұхамедовпен келіссөз жүргізуге құқ берді». 27 қазандағы отырыста Ахмет Байтұрсынов «совет өкіметі қазақ халқына автономиялық өзін-өзі басқаруды жалған емес, іс жүзінде бергенін қазақтардың анық көріп, көздері жететіндей әрекеттер» жасау керек екенін айтты. Сол орайда «Қазақ ревкомы барлық қазақтарға, соның ішінде ақтар жағында совет өкіметіне қарсы күресіп жүрген алашордашылардың торғайлық және оралдық топтарына совет өкіметі жағына шыққан жағдайда амнистия жариялауды» ұсынды. 31 қазанда Қазревком амнистия жариялау жайынан Түркмайданға өтініш беруге қаулы алды. 1919 жылғы 4 қарашада Түркістан майданының Әскери-революциялық кеңесі (Реввоенсовет, РВС) «Советтік Ресейге қарсы күреске тікелей немесе жанама түрде қатысқан барлық қазақ халқына толық кешірім жариялансын» деген қаулы шығарып, амнистия шарттарын жариялады. Осы шешімдермен қоса Қазревком өкілдерінің белсенді түрде жүргізген келіссөздері көп ұзатпай өз нәтижесін берді. Азамат соғысында Ресей Жоғарғы билеушісінің әскерінен қызылдар басым түсе бастағаны айқындалып келе жатқан, тиісінше оның қазақ қайраткерлерінің өтініштеріне көңіл бөлуге мұршасы келмейтін. Осыны көрген әрі кеңес өкіметінің амнистиясына арқа сүйеген көптеген азамат кеңестік жүйені мойындап, жаңа өкіметтің мекемелері мен ұйымдарына қызмет атқаруға кіре бастады. Әлихан Бөкейханов өзінің ғылыми-шығармашылық жұмыстарымен шұғылданды. Мұхамеджан Тынышбаев Түркістан Республикасына кетті. Кеңестік билік алдында Жетісудың солтүстігінде тұратын халықтың ауыр жағдайы жөнінде мәселе көтерді. Халел Ғаббасов Семей педагогикалық техникумына оқытушылыққа кірді. Міржақып Дулатов Омбыда аз уақыт Ақмола және Сібір облыстық оқу бөлімдерінде істеп, 1920 жылғы күзде Ташкенттегі «Ақ жол» газетіне қызметке тұрды. Әлімхан Ермеков Том политехникалық университетіндегі оқуын жалғастырды. Райымжан Мәрсеков Семей губерниялық атқару комитетінің ақпарат-нұсқау бөлімінде нұсқаушы-тексеруші болып қызмет атқаруға кірісті...
1919 жылғы 10 желтоқсанда Батыс Алашорда совет өкіметі жағына шығу шараларын мұқият ойластырып белгіледі. Ақ казактарға қарсы соғыс қимылын жүргізу жөнінде құпия бұйрық шығарды. Сол бұйрық бойынша тұрақты қазақ әскери бөлімдері 27 желтоқсан күнгі таңғы сағат алты жарымда шабуылға шықты. Үш сағатқа созылған шайқастан кейін Қызылқоға қаласы азат етілді. Елек корпусының күллі штабы корпус командирімен, оның көмекшісімен, штаб бастығымен бірге қамауға алынды. Және 500 жауынгер казак пен офицер тұтқындалды. Табысты шайқастар нәтижесінде екінші күні қала айналасы 25–30 шақырымға дейін тазаланды. Қарсыластар тылындағы жергілікті жасақтар да соғыс әрекеттерін жүргізіп, ақ казактардың ұсақ жасақтарын қарусыздандырды. Осылар жайында Батыс Алашорда Орынбордағы Қазревкомға толық баяндай келе, «совет өкіметінің жауларымен күреске белсенді түрде қатыса отырып, Алашорда өзін советтік Ресейге іс жүзінде қосылдық деп санайды» деп мәлімдеді. «Алашорданың Қазақ Ревкомымен бір мекемеге құйылып-бірігуін Алашорда өзінің совет жағына өтуінің табиғи нәтижесі ретінде біледі» деген тұжырымын аян ете келе, кідіртпей шешімін табуға тиіс мәселелерді тізбеледі. 1920 жылғы 11 қаңтарда Ойыл уәлаятындағы Қызылқоғада Алашорда Батыс бөлімінің кеңес өкіметінің өкілдері қатысқан отырысы болды. Шығыс майданы 1-ші армиясы Әскери-революциялық кеңесінің (РВС) өкілі Евгений Наумов пен Қазревком өкілі Нысанғали Бегімбетов алашордашыларды Кеңес өкіметі жағына нақты түрде шығуымен құттықтап, алда тұрған мәселелерді тұжырымдады. Олардың түйген қорытындыларына сәйкес (Алашорда үкіметінің Қазревкомға қосылатыны және Алашорда әскери бөлімдерінің Орал майданы жойылғанша татар қосыны құрамында болатыны, соғыс олжалары есепке алынып, Қызыл армияның мұқтаж бөлімдеріне берілетіні, тағы басқа маңызды мәселелер жөнінде) шешімдер қабылданды. Хаттамаға Алашорда Батыс бөлімінің төрағасы Жанша Досмұхамедов пен Қазақ әскериревкомының өкілі Нысанғали Бегімбетов қол қойды. Алайда өзін жеңімпаз санайтын кеңестік билік бұған көңіл аударған жоқ. Қазревком 1920 жылғы 5 наурызда «Қазақ ұлттық «Алашорда» үкіметінің Батыс бөлімін жою туралы» мәселе қарап, алашорда басшыларын «совет билігі Қазақ өлкесінде неғұрлым бекем орныққанға дейін қазақтың еңбекші бұқарасынан оқшаулау» жөнінде қаулы алды. Қазақ халқының совет өкіметіне тілектестікпен қарайтын бөлігі мен орталық аудандардан қоныс аударып көшіп келгендер (переселендер) Алашорданың белсенді қызметкерлеріне «жауығып қарайтындықтан, оларды ревком мүшелігіне де, басқа жауапты жұмыстарға да ұсынудан бас тартатындықтары» жөнінде шешім шығарды. Қазревком Батыс Алашорданың жауапты қызметкерлерін Орынборға шақырды, сосын Жанша Досмұхамедов, Халел Досмұхамедов, Иса Қашқынбаев, Кәрім Жәленов, Беркінғали Атшыбаев бесеуін Мәскеуге жіберіп, тағдырларын Бүкілресейлік Орталық Атқару Комитетінің шешуіне қалдырды...
Әкімшілік-территориялық құрылымы қалыптасқан, тұрақты армиясы бар, ұзаққа созылған келіссөздерден кейін белгілі бір шарттармен кеңес жағына шыққан Батыс Алашорданың қызметін тоқтатып, мүлдем таратып жіберу үлкен тарихи оқиға еді. Бұл жайт ХХ ғасыр басындағы алғашқы орыс революциясымен бірге ұшқындап, бір мүшел бойы даму үдерісін бастан кешу арқылы ұлт-азаттық қозғалыстың жеңісті белесінде шаңырақ көтерген Алаш Ордасын түгелдей жою ретінде бағаланды. Содан бері жүз жыл өтті. Бірақ Алаш рухы өшкен жоқ. Қозғалыс кеңестік платформада астыртын жалғасты. Азаттық мұраттарына адал азаматтар тап туын көтере жүріп, әрдайым ұлт мүддесі үшін күресті. Алаш идеясы егемендік мұраттарымен де үйлесіп кеткен, ол күні бүгінге дейін жаңа тұрпатты тәуелсіздік күрескерлеріне ел игілігіне қызмет етудің сара жолын көрсетіп келеді.
