Желтоқсанда өткен ұлттық съезде қазақтар әр болыстан 30 жігіттен алып, 26500 адамнан тұратын өздерінің халықтық милиция жасақтарын құруға шешім қабылдайды. Болашақ милиционерлерді жылқылармен және киім-кешекпен қамтамасыз ету «ауыл қоғамдарына» жүктеледі, ал қару-жарақ сатып алу міндетін Алаш Орда үкіметі өз мойнына алады. милиционерлердің осындай едәуір санын ескере отырып, кейбір зерттеушілер бұл ұлттық гвардия бөлімдерін құру әрекеті болды деп санайды.

Бөкейхановпен бірге Семейге келген Ермеков пен Байтұрсынов дереу Сібірдің жаңа үкіметімен байланыс орната бастайды. Өз қызметінің басында олар эсерлік Батыс Сібір комиссариатымен, ал шілде және тамыз айларында облыстық Уақытша Сібір үкіметімен ынтымақтасуға мәжбүр болды. Сібір билігінің жоғарғы органдарында оры алған саяси әртүрлілік қазақтың ұлттық басшылығымен қарым-қатынастың дамуына әсер еткенін бірден атап өтейік. Батыс Сібір комиссариаты қазақтардың өздерінің территориялық-ұлттық автономиясын құру туралы талаптарына ниеттес болды, өйткені бұл социалистік-революциялық партияның бағдарламалық нұсқауларына толық сәйкес келетін.

Семей облысы бойынша Батыс Сібір комиссариатының өкілдері Г.Г. Кафтане және Б.К. Ляховичтің тұсында, Алаш-Орда үкіметінің 24 маусымдағы алғашқы қаулысы жарық көрді. Бұл актілердің негізгі ережелерінің бірі жерге жеке меншіктің жойылуы және межеленген, бірақ орыс қоныс аударушылары үшін пайдаланылмай қалған жерлерді дала қазақтарының аумақтық ұлттық қауымдастықтарының айналысына қайтару болды. Бұл ереже Батыс Сібір комиссариаты мен Алаш Орданың позицияларын да жақындастыра түсті. Бұдан әрі О.Помозов БСК эсер-интернационалистерін «Алаш автономиясы аумағының халқына түсетін барлық мемлекеттік салықтар Алаш Орданың кассасына түсетіні» туралы ресми түрде хабарлаған 24 маусымда шыққан «Алаш-Орданың заңнамалық ережелерінің» №13 тармағы елеңдеткенін жазады. Сонымен қатар Алаш-Орданың екі ұлттық дивизия көлемінде өзінің ұлттық қарулы күштерін құруына БСК күмәнмен қараған.  

Қазақ ұлтшылдарының ойлары туралы толық білу үшін БСК комиссарлары Омбыға олардың Томск бойынша ортақ танысы, Алаш Орда көшбасшыларының бірі Әлімхан Ермековты шұғыл шақырып алады. Ә.Ермеков екі Сібір эсер-облыстық съездерінің делегаты ғана емес, сонымен бірге 1917 жылы желтоқсанда сайланған Уақытша Сібір облыстық кеңесінің мүшесі де болды. Ермеков 25 маусымда Омбыға жолға шығады, бірақ ол онда жеткенше, аймақтағы билік айтарлықтай өзгеріп, ол енді Сібір облыстықтарынан шыққан консервативті саясаткерлердің қолына өтеді. Нақты эсерлерден билікте тек Михаил Шатилов қана қалады, оның өзі Министрлер Кеңесіне кіргенімен, Омбы үкіметінде  дауысының салмағы жоқ еді.

Уақытша Сібір үкіметі өзінің алғашқы бағдарламалық декларацияларының бірінде Сібірдің аз ұлттарының, оның ішінде Дала өлкесінің, қандай да бір аумақтық автономиясы туралы сөйлесуге ниетті емес екенін айқын көрсеткен еді. Басқаша айтқанда, тек ұлттық-мәдени автономия аясында ғана ол бұратана халықтардың ұлттық өзіндік санасын дамыту үшін барлық жағдайларды жасауға дайын. Ермеков үшін мұндай мәлімдеме толығымен күтпеген жағдай болды, енді оның алдында «Алаш Орданың заңнамалық ережелерінің» барлық нормативтік актілерін бірден-ақ сызып тастаған жаңа өлкелік билікпен иалог жүргізу қажет пе деген сұрақ туындады. Ол біраз ойланып және семейлік партияластарымен ақылдасқаннан кейін, Омбыда біраз уақыт қала тұруға және өзінің ұлттық үкіметі атынан Сібір Министрлер Кеңесімен келісуге тырысуға шешім қабылдайды. Осы жоспарға сәйкес ол 10 шілдеде Жергілікті істер министрі М.Б. Шатиловқа Алаш Орда мен Уақытша Сібір үкіметі арасындағы саяси шарттың жобасын ұсынады.

Құжатта төрт тармақ көрсетілген, соған сәйкес Сібір үкіметі Алашты аумақтық автономия деп тануы және Алаш Орда үкіметінің барлық қазақ ұлттық мекемелерін басқаруын мойындауы, сондай-ақ «ұлттық армияны құруға» көмек көрсетуі және Алаш Ордаға ірі қаржылық қарыз беруі тиіс еді. Қазақ үкіметі өз тарапынан Уақытша (Бүкілресейлік Құрылтай жиналысы өз дербестігі жөнінде түпкілікті шешім шығарғанға дейін) Алаш Орда өкілдерінің барлық мәселелерді шешуге міндетті түрде қатысуымен өз аумағындағы барлық билік органдарының Сібір Үкіметіне бағыныстылығын мойындауға міндеттенді.

15 шілдеде М. Б. Шатилов осы Келісімнің жобасын Министрлер кеңесіне ұсынды. Алайда Ә. Ермековтың өтінімі бойынша ешқандай шешім қабылданған жоқ. Алайда қазақтар шегіну туралы ойлаған да жоқ, оның үстіне шілденің жиырмасы кезінде Омбыға Алаш Орда үкіметінің төрағасы Әлихан Бөкейхановтың өзі келіп, өзімен бірге мазмұны жағынан бұрынғыға қарағанда тіптен батыл шарттың жаңа жобасын ала келеді. 10 шілдедегі құжаттың барлық тармақтарын растай отырып, Уақытша Сібір үкіметі үшін Алаш автономиясымен бірін-бірі мойындау туралы жаңа талапты қамтыды. Осыдан кейін Алаш Орданың жоспарына Сібір, Алаш, Башқұртстан және Түркістан автономияларының федерациясын құру және біртұтас федеративті билік құру мақсатында, большевиктерден азат етілген автономиялы халықтар мен шет аймақтар депутаттарының конгрессін шақыру кірді.

26 шілдеде Бөкейханов өзінің талабын Министрлер Кеңесіне жіберді. Сол күні Алаш Орда әскери кеңесінің басшысы подполковник Тоқтамышев Әскери министрлік басшысы генерал Гришин-Алмазовтың атына 4 атты корпус пен бір жеке дивизиядан тұратын қазақ ұлттық армиясының тұрақты бөлімшелерін құруда сібірліктер тарапынан дереу көмек көрсету жөніндегі тілегін білдірді. Ал 29 шілдеде Сібір үкіметінің Әділет министрі Г.Б. Патушинскийдің қатысуымен өткен Омбы облыстық земство жиналысының отырысында қазақ депутаттары тобының өкілі Е. И. Итбаев Ақмола, Жетісу, Торғай, Орынбор және Ферғана облыстарының халқы жақын арада өздерінің қазақ аумақтық автономиясын ресми түрде жариялауға ниетті екенін мәлімдейді. Дәл осындай сөзді Қостанайда Бүкілресейлік Құрылтай жиналысының мүшесі С. Қ. Қадырбаев қайталайды. О.Помозов сондай-ақ Бөкейханов егер Сібір үкіметі Алаш Ордаға қарай бұрылмаса, онда Түркістанмен бірге Ресейден Түркияға қарай ығысамын деп қорқытқан деген де болжам айтады. Бұл жерде кітап авторы Ішкі істер министрі В.М. Крутовскийдің 1918 жылғы 7 қыркүйекте Красноярскінің «Свободная Сибирь» газетіне берген сұхбатына сілтеме жасайды.

Ақырында Омбы Министрлер Кеңесі бес миллион халқы бар қазақ даласының өкілдері тарапынан жасалған қатаң қысымға көніп, 27 шілдедегі Жарлықпен Алаш Орданың ұсыныстарын қарау үшін М.Б. Шатилов бастаған үкіметтік комиссия құрады. 29 шілдеде Халық ағарту министрлігінің басқарушысы В.В. Сапожниковтың төрағалық етуімен аталған сарапшылар тобы жұмысқа кірісті және қысқа үзіліспен төрт күн мәжіліс құра отырып, тамыз айының басында осы мәселе бойынша шешім шығарады. Осы уақыт ішінде Бөкейхановты автономиялы халықтар депутаттарының конгресін шақыру және шеткері автономиялар федерациясын құру жөніндегі ұсынысын алып тастауға көндіреді. Өз кезегінде, Сібір армиясының штабы                                   А.Н. Гришин-Алмазовтың тапсырмасын орындай отырып, Х. Тохтамышевтан қазақ қарулы күштерінің командалық құрамын тағайындауда Сібір әскери басшылығының басымдығын және Омбы орталық штабының бұйрықтары мен өкімдеріне толық бағынатындықтарын мойындауына қол жеткізді.

9 тамызда Министрлер Кеңесінің отырысында М.Б. Шатилов Алаш Ордамен келісімнің дайын жобасын жариялайды. Онымен мұқият танысып, ақылдасқаннан кейін сібірлік министрлер оған қол қоймауға шешім қабылдайды. Бұл жолы Министрлер Кеңесінің пікіріне кішкентай, бірақ та маңызды факт әсер етті. Бұл саяси жағдайдың толық белгісіздігін және болашақта қайтымсыз және толығымен теріс салдары болуы мүмкін осындай келісімшарттар жасасу үшін тараптардың салыстырмалы заңдылығына назар аудартқан үкіметтік комиссия мүшелерінің бірі А.М. Ярмоштың Келісім жобасына қоса берілген мәліметі еді. Адвокат Ярмоштың дәлелдері Вологодский мен Патушинский үшін өте сенімді болып, Министрлер Кеңесінің басқа мүшелерінің көпшілігі олардың пікіріне қосылады. Олар аталған келісім жобасын негізгі тармақтары бойынша қабылдамай, Сібір армиясының орталық штабы мен Алаш Орда әскери кеңесінің қазақтардың қарулы күштерін құру жөніндегі уағдаластықтарын ғана күшінде қалдырады.

Қабылданған шешімге аса қанағаттанбаған Шатилов келісім жобасын Сібір облыстық Думасына жолдайды, бірақ онда жоспарланған келісім жетілдіруді қажет етеді деп танылып, осы мәселені егжей-тегжейлі талқылау үшін Алаш Ордаға өз өкілдерін Томскіге жіберуге сұрау жасайды.

Осыған ұқсас жағдай қазақ даласының батысында да болып жатты. Онда өздерінің жеке үкіметін (Ойыл Уәләяты) құрған Алаш-Орданың жергілікті бөлімшесінің қайраткерлері өз жасақтарымен Орал немесе Орынбор казактары азат еткен қалаларға кірді және жаңа билік өкілдерімен байланыс орнатты. Олардың барлық іс-әрекеттері ұқсас болды, тек айырмашылығы - шығыс аудандардағы алашордашылар Уақытша Сібір үкіметінің өкілдерімен, ал батыста - негізінен Комуч өкілдерімен қарым-қатынас жасады.

Азаматтық қарсыласудың жаңа кезеңінде алашордашыларға тағы да, бірден үш адрес бойынша: Комуч, атаман Дутовтың Орынбор казак Үкіметі және Уақытша Сібір үкіметі, тіпті Сібір облыстық думасынан өз автономиясына қолдау іздеуге тура келді. Алаш-Орданың Торғай бөлімі - Дутовпен, шығыс бөлімі - Сібір үкіметімен, батыс бөлімі, яғни Ойыл Уәләяты үкіметі Комучпен келіссөздер жүргізді. Тамыз айында сібірліктермен келіссөздер жүргізуге деген үмітін үзіп, Бөкейхановтың өзі бастаған шығыс бөлімшесінің өкілдері де сол мақсатта Самараға жол жүреді.

УСҮ-не қарағанда, Алаш Орда қайраткерлерінің Комуч-пен жолы болды. Самара эсерлері билікке келгеннен кейін, түркі-татар халықтарының Сібірдегідей мәдени емес, ұлттық-аумақтық автономияға құқығын жариялады. Ал қыркүйек айының басында Самара Алаш автономиясын ресми түрде мойындады, бұл туралы 19 қыркүйекте Комучтың баспа органы «Вестник Комитета членов Всероссийского Учредительного собрания» («Бүкілресейлік Құрылтай жиналысы мүшелері комитетінің жаршысы») газеті хабарлайды. Алаш Орда үкіметімен екі келісімге қол қойылды - өлкені басқару туралы және әскери. Біріншісіне сәйкес автономия аумағында 1917 жылы Уақытша үкіметпен шығарылған Ресей заңдары әрекет етті, ал Алаш Орда жанында бақылау үшін Комучтың уәкілетті өкілі тұрды, бірақ сонымен бірге Қазақ үкіметі «Алаш Ордаға ұсынылған құқықтар шегіндегі Алаш автономиясы аумағындағы жалғыз басқару органы» деп танылып, уездік және облыстық комиссарларды тағайындау құқығына ие болды. Әскери келісімде бүкіл армияның бөлінбейтіндігі, жалпы қолбасшылыққа, яғни Комучтың әскери басшылығына бағынуы қарастырылды. Алаш Орда жанында басшысын Алаш Орда Үкіметі тағайындап, Комуч бекітетін ерекше әскери бөлім ұйымдастырылады. Қаржылық қолдауға келетін болсақ, Комуч қазақтардың автономиясын дамытуға 3 миллион рубль бөлді.

Сонымен, Сібір үкіметінің қазақтардың ұлттық-аумақтық автономиясы мәселесінде ең сақ позицияны ұстанғаны айқын. Тіпті әскери мәселеде де ол Алаш Орда сұрағандарының бәрінен формальды минимумды ғана қанағаттандырумен шектелуді шешкен. Мәселен, алашордашылардың бірнеше атты корпусты жасақтауға дайындығына қарамастан, сібірліктер бір ғана атты полкті қаруландырған. Дәл осы кезде Орынбор әскери үкіметі екі қазақ ұлттық полкін жабдықтады, ал Комуч бастапқы кезде бір ғана ат полкінен тұрған, ал кейін жақын болашақта Ойыл Уәләятының Қарулы Күштерінің жалпы санын 2 мың адамға жеткізу жоспарланған Кіші жүздің тұтас Халық армиясын құруын қаржыландырған. Ал Сібір үкіметі тамыз айының соңына қарай Семей алашордашыларының Қарулы бөлімшесін ұстауға ақша бөлуді мүлдем тоқтатты.

Сонымен қатар, 22 тамызда Омбы Министрлер Кеңесі Алаш Орда өкілдерінің большевиктерге қарсы барлық күштердің (3-21 қыркүйек аралығында өткен) Уфа мемлекеттік Кеңесіне қатысуына үзілді-кесілді қарсы болды, бірақ бұған қол жеткізе алмады. Алашордалықтар қыркүйекте Уфада болды, бірақ жиынға тек статист ретінде ғана қатысты. Қазақ ұлтшылдарының мойындауынша, Жиындағы барлық негізгі мәселелерді «комитетчиктер (Комуч мүшелері) мен сібірліктер» шешкен. Мемлекеттік жиналыста сайланған директория үкіметі, ұлттардың автономияға құқығын мойындағанымен, қарашаның басында барлық аймақтық, казак және ұлттық үкіметтердің қызметін уақытша тоқтатты. Ал екі аптадан кейін билікке келген А.В. Колчак осы үкіметтерді, соның ішінде қазақ үкіметін толық тарату туралы қаулы шығарады. Жауап ретінде Алаш Орданың батыс бөлімшесі телеграфпен Омбыға мұндай шешімге бағынбайтынын хабарлайды, тіпті біраз уақыт салыстырмалы дербестікті сақтап қалуға тырысады.

1919 жылдың сәуір айында «ақтармен ынтымақтастықта болған» «Алаш» партиясының барлық мүшелеріне Кеңес үкіметі атынан толық рақымшылық жасалғанын атап өткен жөн. Осыдан кейін, сол жылдың желтоқсанында, Колчак үкіметінің таяудағы күйреуін көріп, қазақ ұлттық қозғалысының көптеген қайраткерлері большевиктер жағына өте бастайды, ал кейбіреулері тіпті олардың партиясына да қосылады. Мұның бәрі, басқасымен қатар, 1920 жылы тамызда РСФСР құрамындағы ұлттық республика форматында ресми түрде жарияланған, өз халқы үшін көптен күткен автономияға қол жеткізу үшін жасалды.