Марғұлан – қорқыттанушы. Ол оғыз-қыпшақ тайпасынан шыққан данагөй абыз, жырау, күй атасы, қазақ бақсыларының жебеушiсi, батагөй-сәуегейi Қорқыт мұрасын зерттедi. Марғұланның жазуынша, қазақ музыкасы мен философиясында «Қорқыт күйi», «Қорқыт сарыны», «Қорқыт толғауы», «Тәңiр биi» дейтiн рухани iзгi дәстүрлер, мақамдар қалыптасып дамыған. Демек, Қорқыт – керемет дарын иесi, «Ұлыстың ұлы кеңесшiсi», «Тарихи оқиғаларды жырлаушы жырау». Марғұлан Қорқыт мұрасын, дәстүрiн ұстанған халық мәдениетiнiң көрнектi өкiлдерiн былайша топтастырады: Бақсы - жыраулар (Қойлыбай, Қарамырза, Нысан абыз, т.б.); Қобызбен күй орындаушылар (әл-Фараби, Кетбұға); Сәуегей жыраулар, шешендер (Сыпыра жырау, Асан қайғы, Шалкиіз, Қазтуған, Әнет баба, Бұқар жырау, Тәттіқара, Майлы-қожа,т.б.); Қорқыт дәстүрiн жалғастырған, қобызбен жыр туындатқан ақындар (Балқы Базар, Ерiмбет жырау, Кете Жүсiп, Қаңлы Жүсiп, Абыл, Оңғар жырау, Шораяқтың Омары, Молықбай т.б.).
Марғұлан – абайтанушы. Семейде Мұхтар Әуезұлымен танысқан Әлкей Хақанұлының Абай туған қасиетті Шыңғыстауда болуы да оның өмір белесіндегі айтулы кезең-ді. Асылдың сынығы Тұрағұлмен жүздесіп сырласуы қазақтың бас ақынының көркемдік құпиясына енуіне, ұлт рухының айбыны болған қасиетті мекеніннің рухани тыныс-тіршілігімен етене танысуына серпін берді. Ақын туған орта, оның текті ұрпақтарына қатысты құнды да маңызды тақырыптар білгірлікпен қамтылған естеліктерінде сол бір ұмытылмас күндер жайында «Шыңғыстаудан алған алғашқы әсер өте тамаша еді. Турағұл Абайұлы (1876-1934), Жебрәйіл Тұрағұлұлының (1903-1930) шығармашылық тұлғасын ашудағы сырлы сезімдегі эстетикалық толғаныстары Ә.Марғұланның өнер құдіретін айрықша бағалаған жан әлемінің көркемдік иірімін танытады.
Ә. Марғұлан – шоқантанушы. ССРО-дағы архивтерді ақтарып отырып, Шоқанның қаламынан туған 300-дей шығармасын тапты. Оларға ғылыми редакция жасап, бүкіл қара жұмысын атқарды. Ал Шоқан жазбаларының көпшілігі бұрын жарық көрмегенін, жазу тәсімнің қиыңдығын, ойлау жүйесінін тым еркіндігін, кей жұмысының шала аяқталғанын ескерсек, Әлкей Марғұланның атқарған жұмыс бағасы белгілі болады. Бұл шаруа ондаған жылдарға созылды, соның нәтижесінде ғұлама Шоқан туралы 300 беттен аса өмірбаяндық кітап жазып, қолжазбасын қалдырды. Шоқан Уәлихановтың 150 жылдығына байланысты бес томдық қайта басылғанда, Ә. Марғұлан қартайса да, игі істің басында жүрді. Бірақ, Әлкей Марғұлан өзі айтқандай, орыстың әскери ведомстволарында жатқан көптеген қағаздарды қолға түсіру мүмкін болмады. Шоқан мұрасын көп жылдар бойы зерттеудің занды жалғасы ретінде, Ә. Марғұлан «Шоқан мен Манас» атты монографияны жазуға қыруар еңбек сінірді. Бұл жұмыста Әлкей Хақанұлы қырғыз эпосы «Манастың» әртүрлі нұсқаларын салыстыра отырып зерттеудің нәтижесінде оған ғылыми талдау жасап, Ш. Уәлихановтың «Манасты» зерттеуге қосқан үлесін де анықтап, нақтылай түсті.
Одан бөлек, Әлкей Марғұлан этнография саласында да өзіндік өшпес із қалдырды. Ғалымның әсіресе фольклор бойынша зерттеулерінің маңызы зор. Ә. Марғұлан ғылыми тұрғыдан қазақ халқының аңыздарын, ертегілерін, жырларын іргелі зерттеді. Ə. Марғұлан бес жасында оқып, жаза білуді үйренді, бала кезінде «Қобыланды», «Алпамыс», «Көрұғлы», «Қозы Көрпеш - Баян сұлу» дастандарын жатқа білген. Хақанның шаңырағында белгілі ақын, ғалым Мəшһүр-Жүсіп Көпеев, Жаяу Мұса, Имантай Сəтбаев жəне қазақ даласына белгілі басқа да адамдар жиі бас қосқан.
Ә. Марғұлан 1945 жылы «Қазақ халқының эпикалық жырлары» деген тақырыпта докторлық диссертация қорғаған.1929 жылы Абай шығармалары туралы дипломдық жұмыс қорғап‚ орыс география қоғамы архивiндегi Абай қолжазбалары туралы нақты тарихи деректер негiзiнде ғылыми дәйектi тұжырымдар жасады.
Ғалымның этнография ғылымына қатысты «Мәшһүр Жүсiп мұрасындағы түркi эпосы», «Әлiшер Науаи және қазақ мәдениетi», «Мұхаммед Хайдар – тарихшы», «Шоқан Уәлиханов және Орта Азия тарихы», «Жамбыл Жабаев» т.б. еңбектерi жарық көрдi. «Қазақ халқының эпикалық жыр дастандары» тақырыбында қорғаған докторлық диссертациясы қазақ әдебиетi мен тарихы саласындағы iргелi зерттеулердiң нәтижесi саналды.
