1943 жылдың аяғында Кавказды фашист басқыншыларынан азат еткеннен кейін бірден қарашай халқын көшіру басталып кетті. ІІ Дүниежүзілік соғыс қарсаңында, 1939 жылғы бүкілодақтық халық санағының деректері бойынша барлық ССРО аумағында 75 763 қарашайлық болған, оның 92,79% (70 301) Қарашай Автономиялық округында тұрған.

Неміс әскерімен соғысқа 15 600 қарашайлық шақырылған, 3000 адам «еңбек резервінде» тұрған. Тылда қалған қарашайлықтар да қол қусырып отырмаған: соғыстың алғашқы жылдарында олар майданға арнап 6 вагон мүлік (пима, қысқа тон, етік, құлақшын, жүн ұйық және т.б.) жіберген.

Алайда, Совет-герман соғысының бірінші күндері ССРО үшін өте қайғылы болды. Вермахт әскері өте жылдам алға қозғалып, 1942 жылдың тамызында Қарашай АО-нің басып алады. Қарашай АО-нің 1200-ге жуық тұрғыны, оның ішінде әйелдер де бар, 17 партизан отрядын құрады.

Аумақты басып алған вермахт әскері бұл жерде өз тәртібін орнатады: коменданттық сағат (19:00-ден 04:00-ге дейін) енгізеді, неміс ақшасын қолданады, елді-мекендердің және мекемелердің атын немісше жазғызады, колхоздардың жойылғаны туралы үнпарақтар таратады.

Азамат соғысы кезінде ақ гвардияшылардың жағында соғысқан қарашайлар басқыншылар жағына шыға бастайды. Екінші Дүниежүзілік соғыс кезінде неміс қолбасшылығы басып алынған жерлерде басқыншылық режимді сақтау мақсатында түрлі ұйымдар құрған мысал ретінде «Қарашай ұлттық комитетін» айтуға болады. Қарашай халқын депортациялау үшін осының өзі-ақ жеткілікті болды.

Қоныс аударудың тағы бір себебі – ХХ ғасырдың 30-шы жылдарындағы күштеп ұжымдастыру кезіндегі советтерге қарсы қозғалыстар. «Ұжымдастыру кезіндегі асыра сілтеушіліктер» екі мыңнан астам қарашайлықтардың көтерілуіне себепші болды, олардың ішінде ақ гвардияшылардың жақтастарынан басқа, дін өкілдері мен князьдар да болды.

Көтерілістің тұншықтырылғанына қармастан, кейбір қарашай отбасылары астыртын қызметке кірісіп, «бандиттік-көтерілісшіл ұйымдар» құрыла бастайды. 1941-1942 жж көтерілісшіл ұйымдардың белсенді мүшелерін анықтау мен тұтқындау бойынша жүргізілген оперативтік-чекистік іс-әрекеттер мардымды нәтиже бермеді.осы көрсетілген кезеңде Қарашай аумағында 21 банда және оның 135 қатысушысы ұсталды.

Неміс шабуылы басталысымен-ақ антисоветтік элементтер өз жұмыстарын жандандыра бастады.  кейбір тарихшылар қарашайлардың антисоветтік көтерілістері мен немістердің шабуылы синхронды жоспарланған дегенді де жоққа шығармайды. Бұны көтерілісшіл ұйымдар басшыларының неміс басқыншыларымен тығыз байланысы көрсетеді, олардың кейбіреулері тіпті немістердің барлау мектептерінде дайындықтан өткен.

Тарих ғылымдарының докторы Иван Бугай өзінің «Их надо депортировать» атты еңбегінде осындай фактілерді келтіреді. Басқыншылар режимі кезінде құрылған «Қарашай ұлттық комитеті» колхоздардың жойылатындығына, оның мүлкінің, автономияның экономикасы мен мәдениеті сияқты басқаруға комитеттің қолына берілетіндігіне сөз береді. Вермахтың жоспары бойынша комитет неміс дипломаты Эрнст-Август Кестрингке есеп беруі керек болды, кейін бұл дипломат Гитлерге қарсы қастандыққа белсенді қатысқан.

Қарашайлардың антисоветтік толқулары тақырыбы неміс әскери тарихшысы Йоахим Хоффманның зерттеулерінде де кездеседі. 1943 жылдың қаңтарында совет армиясы немістерді Қарашай АО территориясынан қуып шығып, антисоветтік элементтерге қарсы күресін бастайды. Қақтығыстар барысында 1943 жылдың 10-15 ақпанында қарашайлықтар Қызыл Армияның 115 солдаты мен офицерін және Мемлекеттік қауіпсіздік қызметкерлерін жойып жібереді. Советтік қарулы күштер тарапынан екі мыңға жуық милиция және әскери қызметшілер тартылады. Қақтығыстар 1943 жылдың қазанына дейін жалғасады.

Осы уақыт аралығында 37 операция өткізіліп, нәтижесінде антисоветтік элементтер де, НКВД қызметкерлері де қаза табады. Осы қақтығыстардың қызған шағында, 1943 жылдың 15 сәуірінде, көтеріліс басшыларының 573 отбасы мүшесін көшіру туралы НКВД мен ССРО Прокуратурасының бірлескен директивасы шығады. Кейінірек бұл сан 472-ге дейін төмендетіледі.

9 тамызда олардың барлығы да облыс аймағынан тыс жерге көшіріледі. 1943 жылдың 12 қазанында Қарашай АО-ның әкімшілік орналасуын жою және қарашай этносының қалған өкілдерін (62 842 адам) Қазақ және Қырғыз ССР-не көшіру туралы шешім қабылдайды. Шешім 1943 жылдың 2 қарашасында күшіне енеді.

53 мың адамнан тұратын НКВД әскері ауылдарды қоршауға алып, барлық жолдарды жабады. Таңғы сағат төртте тұтқындауларды бастайды, ал бір ауылды көшіруге орташа есеппен 3-тен 6 сағатқа дейін уақыт жұмсайды. 1943 жылдың 5 қарашасына дейін Қарашай АО-нан әр вагонға 2-2,1 мың адам тиелген әрқайсысы 58 вагоннан тұратын 34 эшелон шығарылған.

Қарашай АО-нан шыққан алғашқы эшелондар Жамбыл және Оңтүстік Қазақстан облыстарына 10 қарашада келіп жеткен. Желтоқсанға дейін Қазақ және Қырғыз ССР-де 15 987 отбасы (12 500 ер адам, 19 444 әйел және 36 670 бала) орналастырылады. Арнайы көшірілгендердің негізгі бөлігі Оңтүстік қазақстан облысына қоныстандырылады – 25 142 адам (3689 ер азамат, 6674 әйел және 14 679 бала).

ГУЛАГ бастығы В.Г. Наседкиннің Л.П. Берияға хабарламасынан:

Түсіру станциясына эшелондар келгенге дейін авто-арба көлігі уақытылы шоғырландырылды. Эшелондардан түсіру ұйымдасқан және жоспарлы түрде өткізілді. Эшелондарды қабылдаған кезде де, колхоз бен совхоз үйлеріне қоныстандырған кезде де келген қарашайлықтар тарапынан да, жергілікті халық тарапынан да ешқандай бұзақылық болған жоқ. Арнайы қоныс аударылушылардың басы бөлігі орналасқаннан кейінгі алғашқы күндері-ақ мақта, қызылша жинау, суландыру жүйесін тазалау бойынша колхоздар мен совхоздардың жұмыстарына кірісіп кетті.

Бірнеше айдан кейін, 1944 жылғы 3 наурызда, Мемлекеттік қорғаныс комитетінің бұйрығы негізінде 2543 қарашайлық демобилизацияланады. Арнайы қоныс аударылушылардың келуіне арнайы Қазақ ССР-де әрқайсысында 5-7 чекист және офицер құрамынан тұратын 488 арнайы комендатура құрыладыарнайы қоныс аударылушылардың қашуының алдын алуға ерекше көңіл бөлінгенімен 1944 жылдың 1 мауысымына дейін арнайы қоныстандыру орындарынан 77 адам қашқан, 1-і қол түскен.

Солтүстік Кавказдан келген қоныс аударушыларға орналасу орны жетпегендіктен, олар клуб ғимараттарында, уақытша барактарда, жертөлелер мен жартылай бұзылған үйлерде тұруға мәжбүр болды. Қоныс аударылғандардың жергілікті климатқа арналған киім-кешегі де болған жоқ. Қыстық киім-кешек пен аяқ киім тігу үшін көп мөлшерде мата қажет болды, ал қабылданған іс-шаралар жеткіліксіз болды. Депортацияланғандар орналасқан аудандарынан тыс шығуға құқылары болмады, бағынбағандар қатаң жазаланды.

Қоныс аударылған отбасыларының отағасылары отбасында болып жатқан кез-келген өзгерісті (қашу, бала тууы немесе отбасы мүшесінің өлімі) үш күн ішінде хабарлауға міндеттелді. Бұл ережені бұзғандарға 100 рубль көлемінде айып салынды немесе 5 тәулікке тұтқындалды.  

Қашқындар ССРО Жоғарғы Кеңесі Президиумының қаулысы бойынша 20 жылға каторга жұмыстарымен жазаланды. 1948 жылға қарай жер аударылған балқар, шешен, ингуш, қарашай халықтарында 28 120 бала өмірге келсе, 146 892 адам қайтыс болған. Орта Азия республикалары территорияларындадағы солтүстіккавказдықтар үшін алғашқы жеңілдіктер 1954 жылы қабылданады, 1937 жылдың 31 желтоқсанынан кейін туған азаматтардан арнайы қоныс аударылған мәртебесі алынады. Бұл 16 жастан асқан жастарға тұрып жатқан пункттерінен тыс шығуға, оқу орындарына түсуге мүмкіндік береді. 1956 жылдың 16 шілдесінде ССРО Жоғарғы Кеңесі Президиумы «Ұлы Отан соғысы кезінде қоныс аударылған шешен, ингуш, қарашайлардан және олардың отбасы мүшелерінен арнайы қоныс бойынша шектеулерді алу туралы» қаулы шығарады.

Қазақстанға қатысы бар қарашайлардың ішінен Оңтүстік Қазақстан облысының Арыс ауданында туған қарашай-балқар ақыны, прозаик-драматург Альберт Узденовты, Қарашай-Черкес республикасының Жоғарғы сотының бірінші төрағасы Магомет Абрековты, Қарашай-Черкес республикасының үшінші президенті Мустафа Батдыевты, Солтүстік кавказ мұсылмандарының үйлестіруші орталығының төрағасы, ҚЧР МДБ төрағасы, мүфтиі Исмаил Бердиевті, актер, Жамбыл облысының тумасы Шүкір Тебуевті және Социалистік Еңбек Ері Патия Шидакованы атап айтқан жөн.

Қарашай Автономиялық облысы 1957 жылдың 9 қаңтарында қалпына келтірілді, алайда енді Қарашай-Черкес автономиялық облысы Ставрополь өлкесінің құрамында еді. Оған облысты жойған кезде шекаралас облыстар құрамына берілген кейбір аудандары қайтарылып берілді. Қарашайлықтардың алғашқы эшелондары туған жеріне 1957 жылдың 3 мамырында келді, бұл қарашай халқының тарихында «Қарашай халқының қайта жаңғыру күні» ретінде атап өтіледі.