Археолог, доктор филологических наук, академик АНКазССР, профессор, заслуженный деятель науки КазССР, основатель казахстанской археологической школы, видный ученый во многих областях знаний. Трудовую деятельность начал учителем. После окончания института в 1929 году работал ученым секретарем терминологической комиссии Наркомата просвещения КАССР. В 1931-1936 гг. являлся аспирантом, стажером, научным сотрудником Государственной академии истории материальной культуры. В 1936-1938 гг. был стажером, научным сотрудником Института истории материальной культуры АН СССР. С 1946 по 1985 год заведовал отделом, являлся старшим научным сотрудником Института истории, археологии и этнографии АН Казахстана. Результатом его исследований в области истории культуры казахского народа явилась защита в 1945 году докторской диссертации на тему «Эпические сказания казахского народа». Кроме этого, объектом его исследований были памятники древней архитектуры, им были открыты уникальные археологические памятники эпохи бронзы и раннего железа: Бегазы, Сангуыр, Беласар и др. Результаты археологических исследований территории Центрального Казахстана были обобщены в фундаментальных монографиях: «Древняя культура Центрального Казахстана», «Бегазы-дандыбаевская культура Центрального Казахстана», «История Казахской ССР» в пяти томах. С середины 50-х гг. под его руководством осуществляется сбор материалов о выдающемся казахском ученом Ч.Ч. Валиханове. Алькей Маргулан является редактором и составителем собрания сочинений Ч.Ч. Валиханова, автором многочисленных монографий о нем. Большую научно-преподавательскую деятельность он успешно сочетал с огромной организаторской работой, возглавляя в течение многих лет Координационный совет по этногенезу казахского народа, Ученый совет Института истории, археологии и этнографии АН КазССР, специализированный совет по защите докторских диссертаций. А.Х. Маргулан издал более 300 научных и научно-популярных публикаций.
