В 1992 г. был принят Закон РК «О науке и научно-технической политике Республики Казахстан», и создано Министерство науки и новых технологий РК. В 1993 г. была принята Республиканская целевая научно-техническая программа «Развитие государственной системы научно-технической информации Республики Казахстан».

В эти же годы был организован ряд национальных научных центров: по радиоэлектронике и связи, комплексной переработке минерального сырья, биотехнологии и Национальный ядерный центр. В 1996-1999 гг. в системе управления научно-технической сферой был проведен ряд организационных преобразований, связанных с определением ответственного исполнительного органа, курирующего развитие науки в Казахстане (таковым стало Министерство образования и науки Республики Казахстан), а также реформой Национальной Академии наук РК, которой был придан общественный статус вместо прежнего государственного. Одновременно начался процесс вывода академических институтов из системы Национальной Академии наук РК и их перехода в отраслевую ведомственность или объединения с вузами.

В 2001 г. был принят Закон РК «О науке», регулирующий общественные отношения в области науки и научно-технической деятельности, определяющий права и обязанности субъектов научной и научно-технической сферы. В том же году была утверждена Программа инновационного развития Республики Казахстан до 2015 г.

В июле 2002 г. был принят Закон РК «Об инновационной деятель­ности». Целью государственной инновационной политики является сбалансированная производственная инфраструктура, обеспечива­ющая преобладание в различных областях производства и сферах управления обществом конкурентоспособной, высокотехнологичной продукции (работ, услуг). Новый этап совершенствования управления наукой и научно-технической сферой начался в 2006 г.

Основной характеристикой структурных реформ науки, осущест­вленных в 2006 г., является новая система принятия решений, идея создания которой была выдвинута Первым Президентом РК Н.А. Назарбаевым в своей лекции в Евразийском национальном университете 26 мая 2006 г. Значимость этой системы подчеркивал тот факт, что создан­ную в августе 2006 г. Высшую научно-техническую комиссию при Правительстве (ВНТК) возглавил Премьер-министр страны.

В 2007 г. в составе ВНТК был создан Международный эксперт­ный совет, основной задачей которого стал анализ мировых трендов развития науки и потенциала проведения в стране передовых науч­ных исследований по конкретным направлениям. Созданный в июле 2006 г. в структуре Министерства образования и науки Комитет науки РК стал единым администратором исследований, осуществляющим финансирование научно-исследовательских работ, включая фунда­ментальные исследования и программы государственного значения. Комитет науки РК является рабочим органом ВНТК.

С 2010 г. начался поэтапный переход к финансированию всех научно-исследовательских работ, проводимых отраслевыми министер­ствами, через Комитет науки РК. В компетенцию созданного в форме акционерного общества со 100%-м участием государства Фонда науки при МОН РК входит финансирование опытно-конструкторских работ (ОКР), а также научно-технических, инициативных проектов.

В настоящее время для сохранения потенциала крупных отрасле­вых научных организаций, лидирующих в своих областях знаний, в республике действуют 5 национальных научных центров (националь­ный ядерный центр, национальные центры по комплексной перера­ботке минерального сырья, биотехнологии, радиоэлектронике и связи).

Таким образом, с обретением независимости в республике началось формирование новых подходов в развитии науки, которые соответство­вали задачам становления Казахстана как суверенного государства.

Вместе с тем, в условиях экономического кризиса и перехода к рыночным отношениям проблемы в сфере науки обострились. В 1990-­1996 годах, которые были самыми трудными для ученых республики, их общее число сократилось в 2,5 раза (от 50 тыс. до 20 тыс. человек), то есть каждый второй научный сотрудник был вынужден поменять профессию и перейти в другие сферы (бизнес, торговля и т.д.). След­ствием этого стала тенденция старения научных кадров. В ходе про­веденных опросов было зафиксировано, что средний возраст доктора наук на уровне 56 лет, кандидата наук – 46 лет, научного работника – преподавателя без ученой степени 39 лет.

Несмотря на экономические трудности, руководством страны был предпринят ряд мер для развития казахстанской науки и поднятия ее на новый качественный уровень. Для повышения качества защи­щаемых диссертаций на соискание ученых степеней Указом Прези­дента РК от 17 мая 1992 года была учреждена Высшая аттестационная комиссия (ВАК). В 2001 году она была реорганизована в Высший атте­стационный комитет. В конце 2000-х годов и в начале нового десяти­летия аттестацией научных кадров занимается Комитет по контролю в сфере образования и науки МОН Республики Казахстан.

Как было уже отмечено, в октябре 2003 года Национальная ака­демия наук Республики Казахстан (НАН) была реорганизована в республиканское общественное объединение. Согласно Уставу, НАН является общественным объединением наиболее передовой части уче­ных Казахстана – действительных членов (академиков) и членов-кор­респондентов Академии, которые стали равноправными учредителями и действительными членами НАН Республики Казахстан.

Реорганизация НАН в республиканское общественное объедине­ние вызвала неоднозначную реакцию в научных кругах и в обществе. По результатам социологического исследования, проведенного Наци­ональным центром научно-технической информации, подавляющее большинство респондентов отрицательно отнеслось к этой реорга­низации, к превращению Академии из учреждения, финансируемого государством, в общественную организацию. Правильной назвали эту меру только 23% опрошенных, неправильной – 76%. Большинство экспертов считали, что эта реорганизация привела к потере эффективного центра координации научных исследований. Подорваны были, но их мнению, авторитет науки в целом и стимулирующие факторы науч­ного роста. Лишь немногие эксперты считали, что реорганизация Ака­демии была оправданной мерой, то есть казахстанская наука перешла на коммерческую основу, и как государственное учреждение НАН уже больше не могла существовать. Лишение государственного статуса не должно было влиять на работу и обязанности НАН.

Некоторые научные организации Министерства образования и науки Республики Казахстан были переведены из Алматы в Астану (ныне – Нур-Султан). В целях интеграции науки при высших учебных заведениях открылись научные центры.

В 2000-х годах, в условиях экономического роста, у государства появилось больше возможностей для финансирования науки. 12 октяб­ря 2004 года Елбасы Н.А. Назарбаев в своей речи на III съезде работников обра­зования и науки отметил: «Мы твердо верим, что только фундаментальные исследования, составляющие качественное образование и передовую науку, восстановят страну и помогут решить сложные проблемы XXI века».

И благодаря заботам Елбасы институциональная струк­тура науки Казахстана постоянно совершенствовалась. Важным собы­тием в области исторической науки стало создание государственного учреждения «Институт истории государства» при Комитете науки Министерства образования и науки РК (постановление Правительства РК от 5 мая 2008 г.). Институт был образован с целью комплексного исследования истории независимого Казахстана, а также выработки концептуальных предложений по объективному изучению современ­ной истории страны в контексте многовековой истории Казахстана, исходя из требований времени и стратегических задач, определенных Первым Президентом и Правительством Республики Казахстан.

Конкретная забота о решении актуальных проблем в сфере науки прозвучала в Послании Главы государства Касым-Жомарта Токаева народу Казахстана 1 сентября 2021 года.

В частности, Президент поставил задачу обеспечить стабильную и достойную заработную плату ведущим ученым, включив ее в базовое финансирование науки. Для этого он считает необходимым внедрить прямое финансирование научно-исследовательских институтов, занимающихся фундаментальной наукой. По его мнению, МОН РК следует разработать четкие и прозрачные правила отбора и финансирования таких научных организаций. «Серьезным барьером для развития фундаментальной науки является ограниченность грантов тремя годами. В таком коротком горизонте планирования сложно добиться каких-либо значимых результатов. Следует рассмотреть вопрос увеличения сроков грантового финансирования науки до пяти лет», - подчеркнул Глава государства. В связи с этим, как он считает, «в целом перед казахстанским образованием и наукой стоит масштабная, неотложная задача – не просто поспевать за новыми веяниями, а быть на шаг впереди, генерировать тренды».