Операции по депортации коснулись балкарцев в самый разгар Великой Отечественной войны и во многом именно итоги локальных противостояний между немецкими и советскими войсками в ходе битвы за Кавказ 1942-1943 гг. заставили советское руководство принять меры по переселению балкарцев в Среднюю Азию и районы Крайнего Севера.

Разговоры о переселении балкарцев начались в ходе летней кампании 1942 года, когда фашистский вермахт поставил перед собой цель разгромить южный фланг советской армии. Ошибки советского командования, ставшие итогом недооценки немецких сил и несвоевременные мероприятия по укреплению оборонительных редутов на Кавказе, вылились в поражение в ходе Донбасской оборонительной операции. Немцы сумели заполучить стратегически важные позиции на южном крыле немецко-советского фронта, создав тем самым непосредственную опасность в районе не только Северного Кавказа, но и на подступах к Сталинграду. Кроме того, ослабление войск Южного и Юго-западного фронта предопределило дальнейшие успехи немецкого наступления.

После захвата Украины войска вермахта без пауз пустили силы на захват Северного Кавказа. Данное события получило название «Битва за Кавказ». Это сражение проходило в два этапа – в период с 25 июля по 31 декабря 1942 года и с 1 января по 9 октября 1943 года. Кампания второй половины 1942 года увенчалась успехом немецких войск: к октябрю 1942 года пали Ставрополь, Армавир, Майкоп, Краснодар, Элиста, Моздок, большая часть Новороссийска, а на Эльбрусе был установлен немецкий флаг. Однако второй этап этой кампаний принес победу СССР. Советским войскам удалось остановить продвижение немецких войск вглубь страны, были освобождены Краснодарский край, Калмыкия, Чечено-Ингушетия, Северная Осетия, Кабардино-Балкария, Ростовская область, Ставропольский край, Черкесская, Карачаевская и Адыгейская автономные области. Многие историки сходятся во мнении, что итоги второго этапа битвы за Кавказ предопределила чрезмерная концентрация немецких сил на Сталинградском направлении.

После освобождения вышеописанных территорий руководство СССР в массовом порядке обвиняло Кавказ в пособничестве к врагу и коллаборационизме. Среди обвиненных народов были и этнические балкарцы. Им, в частности, ставили в вину сдачу Нальчика, а также при спешном отступлении балкарцы оставили противнику 314,9 тысяч овец, 45,5 тысяч голов крупнорогатого скота и 25,5 тысяч лошадей. Кроме того, руководство республики провалило организацию партизанского движения: из задуманной первоначально тысячи партизан из-за провальной организации был создан лишь один отряд численностью в 125 человек.

В этом высшее советское руководство усмотрело предательство народов Кавказа и первыми под депортацию попало население Чечено-Ингушской АССР 23 февраля - 9 марта 1944 года. Вслед за депортацией чеченцев и ингушей последовала очередь кабардинцев. 24 февраля 1944 года Лаврентий Берия в личном разговоре со Сталиным предложил инициировать депортацию балкарцев. 26 февраля Л. Берия издал приказ по НКВД «О мероприятиях по выселению из КБ АССР балкарского населения», о котором он сообщил Кумехову 2 марта.

Кроме обвинений в предательстве и коллаборационизме, историки отмечают еще ряд факторов, которыми советское руководство мотивировало свое решение о депортации балкарцев. Одним из этих факторов был сталинизм. Из 359 236 этнических балкарцев по политическим мотивам подвергнуто аресту было порядка 17 тысяч человек, из которых 2184 человека было расстреляно. Среди репрессированных были заместитель председателя Кабардино-Балкарского облисполкома Ако Гемуев, заместитель начальника Кабардино-Балкарского областного земельного отдела Келлет Ульбашев, создатель балкарского букваря Магомед Энеев, председатель Чегемского райисполкома Хасан Аппаев, председатель Президиума Верховного Совета СССР Азрет Мокаев, председатель Эльбрусского райисполкома Амуш Настаев, поэт Ахмадия Ульбашев и многие другие. Имена всех этих «врагов народа» были использованы как предлог к насильственной депортации.

Еще одной причиной, побудившей советское руководство претворить в жизнь депортацию балкарцев, был т.н. «малый вклад» балкарского народа в борьбе против фашистских захватчиков. Еще 23 февраля Л. Берия запросил у З. Кумехова справку о состоянии балкарских районов Кабардино-Балкарской АССР, в котором подробно описывалась деятельность преступных группировок на территории республики. Среди прочего, им вменялось активное сотрудничество с вермахтом, противодействие советской власти, воровство скота, продовольствия и оружия. Справка заканчивалась словами: «Исходя из вышеизложенного, считаем необходимым решить вопрос о возможности переселения балкарцев за пределы КБАССР». К слову, ряд специалистов утверждает, что справка была подготовлена без ведома З. Кумехова.

На основе этой справки Лаврентий Берия доложил ситуацию Сталину:

...в 1942 г. антисоветские элементы в Балкарии значительно активизировали свою вражескую работу в тылу Красной Армии, создавали бандитско-повстанческие группы, используя бежавших с фронта дезертиров из балкарцев... В балкарских районах ушла в банды и часть руководящих советских и партийных работников... Оккупация немцами большинством балкарцев была встречена доброжелательно... По указке немцев и привезенных ими с собой эмигрантов Шокманова и Кемметова, балкарцы договорились с карачаевцами об объединении Балкарии с Карачаем...

2 марта Берия прибыл в Приэльбрусье и сообщил Кумехову о принятом решении выселить балкарцев за пределы КБАССР, а их земли передать во владение Грузинской ССР. Передача земель автономии союзной республике мотивировалось необходимостью строительства оборонительного рубежа на северных склонах Большого Кавказа.

5 марта Государственный комитет обороны издал Постановление «О выселении балкарцев из КБАССР». В тот же день в балкарские села начали стягиваться советские войска РККА и НКВД численностью более 21 тысячи человек. Их появление руководство республики объяснила мерами по восстановлению сил армии и пополнение ее численности.

Территория Приэльбрусья была разделена на пять секторов с преимущественным проживанием балкарцев: Эльбрусский, Чегемский, Хуламо-Безенгиевский, Черекский и Нальчикский. Утром 8 марта балкарцам пяти секторов был отдан приказ собраться в дорогу. Участники Гражданской и Отечественной войн, инвалиды, родители, жены и дети фронтовиков, депутаты Совета всех уровней, руководители партийных и советских органов… За два часа все балкарцы были перевезены на железнодорожную станцию, распределены по товарным вагонам 14 эшелонов. Один эшелон состоял 56 вагонов, каждый из которых вмещал порядка 45 человек.

Эшелоны прибыли в Среднюю Азию 24 марта. За 18 дней в пути в вагонах без нар и печей для отопления погибло 562 человека, а до места прибытия добрались 32 884 человека. 8 апреля 1944 года Президиум Верховного Совета СССР постановил переименовать автономию в Кабардинскую АССР и передать Эльбрус и Приэльбрусье Грузии. Большую часть спецпереселенцев приютила Казахская ССР (16 684 человека), остальные же были распределены по следующим районам: Киргизская ССР (15 743), Узбекская ССР (419), Таджикская ССР (4), Иркутская область (20), Крайний Север (14). Спецпереселенцы обязаны были ежемесячно проходить в спецкомендатуру, им было запрещено покидать пределы своего района, а самовольная отлучка каралась уголовным или административным преследованием. Кроме того, в целях как можно быстрее ассимилировать депортированный народ их язык и культурные традиции перестали получать государственную поддержку, что затрудняло получение школьного образования для детей спецпереселенцев. 

Спустя 12 лет, 28 апреля 1956 года, Президиума Верховного Совета СССР издал указ «О снятии ограничений в правовом положении крымских татар, балкарцев, турок – граждан СССР, курдов, хемшилов и членов их семей, выселенных в период Великой Отечественной войны». Указ не предполагал возвращения депортированных в родные края, только снимал людей с учета спецпоселений, однако народы стали возвращаться. Это ускорило принятие официальных решений. 24 ноября 1956 года ЦК КПСС принял постановление, в котором признавал депортацию актом произвола и беззакония. Основная масса балкарцев вернулась в новоиспеченную Кабардино-Балкарскую АССР до середины 1958 года (35 274 человека), а к 1979 году 90% всех депортированных балкарцев вернулись на Кавказ. Однако были и те, кто пожелал остаться: так, по итогам Всесоюзной переписи 1989 года в Казахстане проживали 2967 человек, преимущественно на территории Павлодарской, Алма-Атинской, Джамбулской областей, в городах Алма-Ата, Талдыкурган, Акмола, Шымкент и Джамбул.

Среди балкарцев, депортированных или уже рожденных в Казахстане, необходимо выделить советского актера и певца Азнора Ульбашева. Он оказался среди депортированных 1944 года, был распределен в Талдыкурганскую область, а в 1946 году присоединился к духовному оркестру Николая Мина, составленного из также депортированных в КазССР корейцев. Кроме него, в КазССР часть своей жизни прожили народные поэты Азамат Суюнчев и Магомет Мокаев, основоположник балкарского сатирического рассказа Жагафар Токумаев. Школьный учитель Султан Бабаев до своей депортации трудился в рядах МГБ КБАССР, однако по распоряжению Берии был уволен как репрессированный. Однако руководство Наркомата государственной безопасности КазССР сочло возможным вернуть его на службу. Он вернулся на службу, но вскоре вновь был уволен и стал школьным учителем в средней школе №3 в г. Алма-Ата.

Депортация балкарцев явилась незаконной акцией проявления сталинского террора и репрессионной политики СССР.