При таком тревожном положении дел, русским войскам, в те годы почти завершившим процесс присоединения казахских земель в состав империи, был дан приказ продвинуться к границе. Если раньше, до начала Чугучакских переговоров, граница между казахскими кочевыми племенами и китайскими подданными поддерживалась в порядке и спокойствии, то, когда возникшие в среде дунган беспорядки начали принимать тревожные размеры и вскоре повлекли за собой кровопролитные столкновения между казахами и китайцами, вооруженная оборона стала необходимостью. В то же самое время, русская административная власть в регионе с самого начала дунганского восстания не придавала ему должного значения и не допускала, чтобы оно могло неблагоприятно отразиться на пограничном кочевом населении степи. Вследствие этого граница в первое время дунганской смуты оставалась полностью открытой и незащищенной. 

Пользуясь этим, а также и повсеместной анархией в Западном Китае, маньчжуры и китайцы бежали из Чугучака с намерением укрыться в степи от ожесточенного восстания дунган. Однако в степи они встретили более чем суровое сопротивление от казахов Байджигитовского, Кызаевского и других приграничных родов. В этих столкновениях принимали участие и представители Муруновской, Тогос-Байджигитовской и других волостей, но главными участниками все же оставались байджигиты и кызаевцы, кочевавшие в северо-восточной части казахской степи, сопредельной с Тарбагатайским округом Западного Китая. По мере роста интенсивности набегов друг на друга, боевые действия быстро перекинулись и на соседние калмыцкие улусы. Со своей стороны калмыки, ожесточенные этими грабежами, решились при первом же удобном случае выместить всю накопившуюся у них злобу. В октябре 1865 года многочисленные скопища калмыков вторглись в аулы байджигитов, расположенные в местности к югу от Тарбагатайского хребта и разграбили их. Таким же образом в 1866 году и кызаевцы, также грабившие своих соседей чахаров, живших по долине реки Боро-Тала, подверглись ожесточенному мщению последних, причем спаслись только те, что успели бежать. Остальные же большей частью были убиты. Независимо от этих столкновений с калмыками, в среде байджигитов, кызаевцев и других приграничных казахов производились взаимные грабежи и угон скота. Словом, в течение 1865-1866 гг. на окраинах Кокпектинского и Сергиопольского округов Семипалатинской области, т.е. в Зайсанском крае и к югу от Тарбагатайского хребта, царствовало совершенный хаос. Однако все эти беспорядки и обоюдные грабежи между казахами и китайскими беженцами в 1865 и 1866 гг. оказались незначительными и отодвинулись на второй план сравнительно с тем грандиозным погромом, который был произведен 8-тысячным войском калмыков под начальством Чоган-Кегена в 1867 году в районе Зайсанского края. 

Для русских властей вторжение Чоган-Кегена в степь послужило новым подтверждением о необходимости принять решительные меры для умиротворения присоединенного к империи Зайсанского края. Для осуществления этой цели и принятия мер для охраны границы на северо-востоке казахской степи и вследствие возникавших в ней беспорядков, Генерал-Губернатор Западной Сибири Александр Хрущев командировал на китайскую границу некоего Ивана Бабкова, возложив на него обязанности Военного Губернатора и командующего войсками в Семипалатинской области. Предшественник Бабкова - генерал Колпаковский – из-за состоявшегося в это время образования Туркестанского Генерал-Губернаторства, был назначен Степным Губернатором и находился в Семипалатинске в ожидании прибытия проездом в Ташкент Туркестанского Генерал-Губернатора К.П. Кауфмана.

Зайсанский край был хорошо известен Бабкову. В течение 4 лет ведения переговоров с китайцами в Чучучаке, занимая должность полномочного комиссара по разграничению с Китаем и заведуя топографическими работами, производившимися тогда на китайской границе, а также Зайсанской экспедицией, он имел возможность ознакомиться с местностью и ее населением, а равно и с соображениями политического характера, относящимся к пограничным делам с китайцами. 1 октября Бабков прибыл в Семипалатинск, где и оставался в ожидании приезда Туркестанского Генерал-Губернатора К.П. Кауфмана, с которым он был знаком со времен совместной службы на Кавказе в составе корпуса на Кавказско-Турецкой границе, под начальством князя В.О. Бебутова. Во время пребывания в Семипалатинске К.П. Кауфман очень заинтересовался подробностями погрома, произведенного Чоган-Кегеном в Зайсанском крае. Об этом печальном событии давали объяснения капитан Щетинин, руководивший действиями русских отрядов, выставленных на границе, а также и генерал Колпаковский. Неудовлетворенный этими объяснениями, Кауфман потребовал к себе китайского сановника Жун-Цзю-аня, находившегося в Семипалатинске. Так как дунганская смута в Западном Китае в то время еще не улеглась, сановник Жун являлся единственным представителем китайской власти на западных пределах империи. Обстоятельство это давало основание полагать, что вторжение калмыцких скопищ в Зайсанский край для грабежа казахов едва ли не было сделано по внушению Жуна. Во время происходивших по этому поводу объяснений Кауфмана с Жуном, последний на все сделанные ему вопросы относительно грабежа казахов Чоган-Кегеном давал, по обычным приемам китайской политики, такие уклончивые ответы, что от него невозможно было ничего добиться.

Вскоре после того генерал Кауфман уехал из Семипалатинска в укрепление Верное и далее в Ташкент. При прощании он сказал Бабкову, что уверен в успешном и добросовестном исполнении им возложенного на него поручения относительно умиротворения Зайсанского края и по производству расследования по делу разграбления байджигитовских аулов калмыцкими скопищами под предводительством Чоган-Кегена.

После отъезда генерала Кауфмана и Колпаковского из Семипалатинска, Бабков отправился на китайскую границу, вызвав предварительно в город Кокпекты всех султанов, биев и почетных людей от всего населения Зайсанского края. Многие из них были лично знакомы с Бабковым со времен Зайсанской экспедиции 1863 года. От этих лиц и из расспросов пленных, взятых при преследовании калмыцких скопищ Чоган-Кегена, большая часть которых оказалась китайцами, Бабков пришел к выводу, что в составе этих скопищ находились не только калмыки, но и китайцы, бежавшие из городов Кульджи и Чугучака и успевшие спастись от преследования дунган и найти себе убежище в калмыцких улусах. Нельзя было сомневаться, что вторжение в степь было сделано по приказу Чоган-Кегена с целью грабежа казахов. В то же время были получены сведения, что скопища Чоган-Кегена отошли в долину реки Кобок, где обычно улусы торгоутов располагались на зимние стойбища.

Это обстоятельство, а также наступление холодов, неимение у солдат теплой одежды, недостаток в подножном корме и топливе, сильно затрудняли дальнейшее пребывание русских войск на границе. Поэтому, сделав распоряжение о снятии отрядов с занимаемых ими позиций, Бабков выехал из Кокпекты на границу. Там он надеялся ознакомиться с реальным положением дел, в частности, он хотел знать, что думает по этому поводу местное кочевое населения и, главным образом, наиболее влиятельные лица среди казахов Зайсанского края. Осмотрев отряды, возвращающиеся в Кокпекты и объехав пограничный край, Бабков посредством расспросов у войсковых и местных пограничных начальников ознакомился со всеми обстоятельствами, относящимися к вторжению Чоган-Кегена. Кроме того, во время этого объезда он убедился, что русское влияние в среде пограничных казахов Зайсанского края, недавно перешедших в русское подданство по Пекинскому трактату, значительно поколебалось вследствие вторжения Чоган-Кегена, которое сверх того породило недоверие к русским казахов и угрожало в значительных размерах казахской эмиграции из Зайсанского края в китайские пределы. 

Окончив расследование дела и сделав распоряжения, Бабков вновь пригласил к себе всех старшин пограничных казахов Зайсанского края. При этом он объявил им, что по ходатайству главного начальника края, те из них которые были разграблены калмыками, будут вознаграждены соответственно понесенным убыткам заявленным ими Кокпектинскому Военно-Окружному Начальству. В то же время, он рекомендовал казахам не входить самопроизвольно в сделки с калмыками для окончания расчетов об отбитом ими скоте, а также удерживать народ от всяких отношений с дунганами, жить мирно и избегать ссор, а тем более враждебных столкновений с соседями, а в особенности с каракиреевцами, которым байджигиты уже готовились в то время отомстить за участие их в грабеже, произведенном скопищами Чоган-Кегена. Затем он указал байджигитам на необходимость защищать свои аулы и стада, наблюдать границу своими разъездами и о всем замеченном доносить начальнику передового казачьего отряда. Байджигиты, выслушав меня с полным вниманием, обещали в точности следовать этим указаниям. Последствия показали, что казахи в этом случае действовали с полным доверием к русской власти. Распоряжения об охране границы на случай нового вторжения Чоган-Кегена заключались в выставлении особого отряда из полусотни казаков на реке Джиты-арал, откуда высылались разъезды по направлению к границе, где они должны были входить в связь с казахскими разъездами. Для этого все пространство границы было разделено на участки, подчиненные ведению особого казахского старшины, имевшего свои зимние стойбища вблизи охраняемого им участка. Определив в особой инструкции порядок действий передового отряда и резерва, т.е. всех войск Кокпектинского гарнизона для отражения калмыцких скопищ на случай нового с их стороны покушения и расположив киргизские пикеты по тракту от реки Чорга до Кокпекты и оттуда прямым и кратчайшим путем по реке Чар-Гурбан до Семипалатинска для скорейшего сообщения сведений обо всем происходящем на границе, Бабков в конце октября 1867 года возвратился в Семипалатинск.