В первом десятилетии ХХ века германская разведка попыталась использовать для проникновения в Туркестан структуры евангелическо-лютеранской церкви. Следствием таких попыток явилось то, что в 1908 году Петербургская Генеральная евангелическо-лютеранская консистория обращалась с ходатайством в Министерство внутренних дел о разрешении приезда в Среднюю Азию священников-иностранцев, но без принятия ими российского подданства. Если учесть, что приверженцами евангелическо-лютеранской церкви в Туркестане являлись только этнические немцы, то можно представить себе, кто и зачем мог приехать к ним в качестве священников. И если департамент духовных дел иностранных исповеданий МВД поддержал такое ходатайство, то военная администрация Туркестана поняла, что может скрываться за этим внешне «богоугодным» делом. Выражая суммарное мнение областных руководителей, туркестанский генерал-губернатор А.В. Самсонов писал министру внутренних дел, что «под личиной пасторов в Среднюю Азию станут проникать германские шпионы, которые с «выгодой» используют право свободного посещения населенных пунктов и военных гарнизонов». Естественно, что царское правительство отказало руководству евангелическо-лютеранской консистории в его просьбе. 

Однако это не обескуражило германские разведслужбы, которые прибегли вскоре к услугам так называемого «Трактатного общества», создававшего в России адвентистские общины из числа «русских» немцев. В 1909 году в Туркестан прибыл известный проповедник «Трактатного общества» О. Дик, который полулегальными методами создал адвентистские общины в Ташкенте и Самарканде. Общины были немногочисленными и состояли всецело из этнических немцев, с ярко выраженной прогерманской и антироссийской ориентацией. Вполне естественно, что туркестанская полиция проявила повышенный интерес к деятельности этих общин. Поэтому в 1911 году ташкентская община адвентистов во главе с пресвитером Эбелем, связанным с германскими спецслужбами, была вынуждена перейти полностью на нелегальное положение, а сам Эбель успел скрыться. Самаркандская община находилась под неусыпным наблюдением Туркестанского районного охранного отделения и поэтому не могла оказывать германским разведслужбам ту помощь, на которую они рассчитывали. 

Существуют свидетельства о том, что германские спецслужбы проводили активную скрытую работу среди крупной туркестанской общины немцев-меннонитов, причем небезуспешную. Так, среди туркестанских меннонитов работали германские шпионы-супруги Бон и Тильман, а также известная авантюристка Анна Мон. Результатом их деятельности явилось то, что перед началом Первой мировой войны в общине заметно возросли прогерманские настроения, а во время восстания 1916 года в Туркестане община меннонитов открыто оказала помощь мусульманским повстанцам оружием и провиантом, стараясь ослабить тем самым позиции властей в Средней Азии. 

В начале ХХ века германские разведслужбы создали два центра в Восточном Туркестане - в городах Кашгар и Кульджа, поскольку они находились на территории Цинской империи, и им легче работалось вне пределов досягаемости русских властей. Но деятельность этих центров была всецело направлена на ослабление позиций царской России в Средней Азии. В Берлине диверсионной работой этих центров руководил опытный германский разведчик, полковник Генерального штаба фон Хафтен. Перед началом Первой мировой войны он направил в Кашгарию опытного разведчика Вернера Отто фон Гентига, «прославившегося», кстати, и во время Второй мировой войны. Гентиг собрал в Кашгарии диверсионную группу из уйгуров, узбеков, киргизов и др., членов которой он засылал с «известными» целями на территорию Туркестана. Так, в 1914 году он направил в Андижан «туземного» шпиона Абдуррахмана-кары, поставив перед ним задачу организовать в городе и его округе диверсионную группу из туркестанских «туземцев», недовольных русскими властями. Абдуррахман-кары не успел развернуть свою деятельность, так как быстро был вычислен сотрудниками Туркестанского районного охранного отделения. Несмотря на это, Гентигу удалось вскоре завербовать известного в Туркестане купца-еврея Потеляхова, который вместе с приставленным к нему немцем-шпионом Л. Бауэром переправлял германским разведывательным службам в Кашгарии золото в значительном количестве. Кроме того, Гентигу удалось также установить «дружеские» связи с предводителем памирских киргизов Джафаркул-ханом, которого он снабжал оружием, надеясь использовать киргизов «Крыши мира» в борьбе против российского присутствия в Туркестане. А в 1915-1916 гг. капитан Вернер Отто фон Гентиг, находясь в составе разведгруппы капитана Оскара фон Нидермайера, помог организовать «канал», по которому германские военнопленные, работавшие на строительстве Термезской железнодорожной ветки, могли бежать на свободу - в Афганистан и Кашгарию. 

После вступления в Первую мировую войну Османской империи (октябрь 1914 года) на территориях Туркестана и Степного края стали часто встречаться такие воззвания: «Мусульмане! Царствующий над нами халиф ислама - турецкий султан ведет войну с Россией и другими ей союзными государствами. Каждый мусульманин должен сочувствовать этой священной войне Султана и обязан немедленно жертвовать на ее нужды и во благо войны всего мусульманства. А тот, кто не в состоянии жертвовать, тот должен сам встать в ряды сражающихся против неверных... Настало время освобождения от власти гяуров-русских...». Кроме того, активно распространялись слухи о поражениях российских войск, а самые малые успехи германских и, особенно, османских войск безудержно восхвалялись. В годы войны заметно возросла активность турецких и германских агентов в пограничном с Синьцзяном районе, особенно в Кашгаре. Например, исполнявший должность военного губернатора Семиреченской области А.И. Алексеев в докладной записке генерал-губернатору Туркестанского края А.Н. Куропаткину в начале ноября 1916 года писал, что среди главных причин недовольства киргизов, приведших к открытому возмущению, надо считать: «.пропаганду, проникавшую из соседнего Китая (Кульджа, Кашгар), где имеются германские агенты, действующие через дунган и китайцев, в большом числе приезжавших на Каркару и Пржевальск; причастность к беспорядкам в Семиречье китайских анархистов партии «Геляо», имевших связь с немецкими агентами». Однако представители контрразведки Семиреченской области в своих секретных рапортах в соответствующие органы МВД Российской империи указывали о том, что многие местные начальники для оправдания своих ошибок и неспособности контролировать ситуацию на местах ссылаются на некие шпионские деятельности иностранных агентств, в частности из Германии и Турции. 

В годы Первой мировой войны германские агенты активно работали непосредственно среди населения Туркестана, опираясь на тех его религиозных деятелей (мулл, ишанов), которые были особенно недовольны русской властью в регионе. По указанию германских разведслужб эти представители туркестанского мусульманского духовенства вели среди населения широкую антироссийскую пропаганду, распространяли листовки, занимались разъяснительной работой, призывали уклоняться от мобилизации в тыловые части войск. Военный губернатор Ферганской области Александр Иванович Гиппиус сообщал туркестанскому генерал-губернатору, что в пределах подведомственной ему области «развернулась вовсю деятельность мулл и ишанов. Они расхваливают немцев как защитников всех мусульман, утверждая, что Россия проиграет войну. При этом они утверждают, что слово «Германия» на таджикском языке означает «бери больше» и что поэтому Германия обязательно победит и освободит мусульман от гнета неверных». Подобные сведения можно обнаружить и в рапортах других военных губернаторов областей Туркестана, относящихся к 1913-1916 гг. 

12 марта 1916 года исламский деятель и редактор издававшегося в Париже журнала «Мусульманин» Магометбек Хаджетлаше писал в Департамент духовных дел МВД, что Германия значительно активизировала деятельность своей агентуры не только в самом Туркестане, но и в среднеазиатских протекторатах России - в Бухарском и Хивинском ханствах. Он сообщал следующее: «Повсюду, в особенности в Бухаре и Хиве, на афганской границе немецкие агенты свили себе прочное гнездо и умело руководят пропагандой». Магометбек Хаджетлаше также указывал на то, что «сотни энергичных смелых и опытных германских агентов, обильно снабженных золотом, под видом дервишей и бродяг снуют по Востоку, пропагандируя величие и могущество Германии». Он призывал русские власти обратить особое внимание на это обстоятельство, поскольку его следствием может стать мощное мусульманское восстание в Туркестане. Можно считать, что журналист оказался прав, так как летом 1916 года такое восстание в Туркестане действительно вспыхнуло, и оно сильно подорвало как позиции России на фронтах мировой войны (были отозваны войска для подавления восстания), так и внутренние позиции царских властей, оказавшихся на грани катастрофы, грянувшей в эпохальном 1917 году. Перечисляя причины этого восстания, туркестанский генерал-губернатор А.Н. Куропаткин в своем докладе военному министру Д.С. Шуваеву указывал на «обращение в сторону Афганистана местного населения как результат агитации немцев, многие побеги туда пленных из наших пределов, укрывательство их туземцами, все это также, по-видимому, успело создать довольно прочную сеть враждебного к нам отношения туземцев. Характерным показателем враждебной нам агитации среди последних служит тот факт, что взбунтовавшиеся туземцы Джизакского уезда, избивая русских, кричали, что они не хотят быть больше русскоподданными, а хотят быть подданными «Германа», в чем им поможет Афганистан».

Вышеизложенное свидетельствует о том, что во время Первой мировой войны кайзеровская Германия старалась максимально эффективно использовать в своих интересах различные социальные движения в Западном Туркестане. В этой связи восстание 1916 года не стало исключением. Лишь последовавшие события на европейских фронтах в совокупности с противодействием царской администрации края помешали реализации геополитических планов Второго рейха в этом регионе Востока, а вскоре привели поочередно к краху обеих империй - и Российскую, и Германскую.