Шокай ответил категорическим отказом. Он мог бы сохранить туркестанское сообщество на тех условиях, которые диктовали большевики, но был твердо убежден, что только упорная борьба за главную цель – консолидацию тюркских народов под одним государством без всяких компромиссов приблизит их созданию Туркестанской автономии. Через пару дней советские войска начали штурм Коканда, в течение трех дней древний город был разрушен. 22 февраля Туркестанское правительство было вынуждено подписать мирный договор, согласно которому все местное население обязано было «сдать оружие, признать власть Краевого СНК и его местных органов».

Мустафа Шокай был вынужден бежать, но он ни на минуту не забывал о своей миссии, своем долге перед народом. На страницах журнала «Яш Туркестан», издаваемом в Берлине с 1929 по 1939 год, Шокай публиковал очерки об истории и культуре Туркестана накануне Второй мировой войны.

Он поддерживал постулаты первого теоретика пантюркизма Юсуфа Акчурина.  Но патриотические чувства Шокая затмил тот факт, что, например, тюркские народы Азербайджана и Крыма охотнее шли на контакт хоть и с людьми другой крови, но зато являющимися их географическими соседями. Тем не менее, его борьба за права тюркских народов стала широко известна не только среди населения Советского Союза, но и за рубежом. Мустафу Шокая как главу Туркестанской автономии воспринимали в качестве настоящего правителя, который может спасти, защитить тюркские народы. Однажды это спасло Шокая от смерти. Ермек Турсунов в своем киноромане пишет, что когда его с другом Чайкиным поймали басмачи и хотели расстрелять, их спасло только то, что лишь в последний момент узнали Мустафу-ага.

В первый состав Временного правительства Туркестанской автономии вошли Мухамеджан Тынышпаев, Шах-Ислам Шагиахметов, Магди Чанышев, Убайдулла Ходжаев, Хидаят-бек Юргули-Агаев, Абиджан Махмудов, Абдурахман-бек Уразаев, Соломон Герцфельд, Кичик Эргаш. Изначально Мухамеджан Тынышпаев был председателем правительства Туркестанской автономии, но после его ухода это место занял Мустафа Шокай. Шокай также внес свой вклад в работу Алаш-Орды, но он мечтал о дне, когда тюрки придут к независимому государству, которое не будет находиться под началом большевиков.

Ермек Турсунов так представляет разногласия Мустафы Шокая и Алихана Букейханова в одном из эпизодов  художественной книги:

Алихан Букейханов:

- Лозунги большевизма не должны нас прельщать, однако я предлагаю отстаивать идею автономии Казахского края в составе России… Только в таком случае мы можем сохранить свою национальную и государственную целостность. Я имею в виду независимость страны, самоопределение и равноправие.

Мустафа Шокай:

- Я во многом здесь готов согласиться. Но о какой независимости и равноправии мы можем говорить, если будем в составе другого государства? … Нам ближе другое единство. Я – за Тюркское единство… Нам не нужно ничьего покровительства.

Это была принципиальная позиция Шокая.

Он пытался облегчить участь советских военнопленных, когда ему предлагали возглавить Туркестанский легион. Мустафа Шокай знал: чтобы избежать подобных прецедентов в истории, когда страна не заботится о судьбе своих граждан – не подписывает Женевскую конвенцию, и более того, объявляет военнопленных предателями Родины, врагами народа – необходимо встать на борьбу за собственное правительство, государственную независимость.  

При подготовке статьи были использованы материалы книги Ермека Турсунова «Мустафа Чокай»