ХІІ ғ. аяғы мен ХІІІ ғ. басында Монғолия жерінде қият-бөржігін тайпасының билеушісі Есугей баһадурдің баласы Темучин (1155-1227) билік еткен ірі көшпелі мемлекет құрылды. Ол 20 жылға созылған қиян-кескі күрес барысында Монғолияның бүкіл тайпаларын өз қол астына біріктірді. Егер бұрын Монғолияны мекендеген тайпалардың көпшілігі татар деген атпен (ең қуатты тайпалардың бірінің аты бойынша) белгілі болса, енді мемлекеттің нығаюына байланысты Монғолия тайпалары өздерін монғолдар деп атай бастайды да, бұл термин жинақтаушы этникалық-саяси мәнге ие болады. Қытай деректерінде бүкіл Монғолияның халқы «татарлар» деп аталған, осы атау араб, парсы, орыс және батыс европалық деректерге ауысқан. Жалпы «татарлар» атауының шығыс-монғолдық тайпалардың бір бөлігіне ғана қатысы бар. «Татар-монғолдар» және «монғол-татарлар» атауы кейін пайда болған.

ХІІ-ХІІІ ғғ. межесінде монғол қоғамында феодалдық қатынастардың қалыптасу процесі жүріп жатты. Бұл қоғам екі топқа – ақсүйек нояндарға және еңбекші халық – араттарға бөлінді.

1206 жылы көктемде Темучинді жақтаушы монғол ақсүйектерінің құрылтай жиналысы болып, онда ол Шыңғыс хан деген атпен монғолдардың әміршісі болып салтанатты түрде жарияланды. Шыңғыс хан тұсында Монғол империясының астанасы Қарақорым болды. Монғол мемлекеті әскери-әкімшілік ұйым негізінде құрылды. Мемлекет аумағы үш әскери әкімшілік аймаққа бөлінді. Әр  аймақ бірнеше түменнен, түмен 10 «мыңдықтан», әр мыңдық – 10 «жүздіктен» тұрады. Армия темірдей тәртібі және жоғары әскери дайындығымен ерекшеленді. Монғолдардың әскери басымдыққа жетуіне Шыңғыс ханның жауапты орындарға этникалық және әлеуметтік шығу тегіне қарамастан батыл да іскер адамдарды қоюы көп әсерін тигізді.

1207-1208 жж. Шыңғыс ханның үлкен баласы Жошы Енисей қырғыздарын және Сібірдің оңтүстігіндегі «орман халықтарын» бағындырды. Қазіргі Шығыс Түркістан аумағында тұрған ұйғырлар монғолдарға бағынды. 1211 ж. Шыңғыс ханның қолы Солтүстік Қытайға енді, 1215 ж. олар Цзинь мемлекетінің астанасы Чжунду (Пекин) қаласын жаулап алды. 1217 жылы Цзинь империясы Хуанхэ өзенінің солтүстігінде орналасқан барлық иеліктерінен айырылды.

Шыңғыс ханның негізгі мақсаты батыс елдерін – Орта Азия мен Иранды, Таяу Шығыс пен Кавказды, Шығыс Европаны басып алу болды. Батыста монғолдар 1211 жылы алғаш рет Жетісу жеріне келгенімен ұзақ тұрақтай алмады. Бұл жылы монғол әскерін Жетісуға Шыңғыс ханның қолбасшыларының бірі Құбылай бастап келген болатын. 1216 жылы Шыңғыс хан өзінің үлкен ұлы Жошыны қыпшақ даласында көшіп-қонып жүрген меркіттерді біржолата талқандауға аттандырды. Жошы Торғай даласында қыпшақтарға қарсы 60 мың әскерімен жорыққа шыққан хорезмшах Мұхаммедтің қолымен кездесіп қалды. Екі жақ күні бойы шайқасты, ал түнде монғолдар жаққан оттарын қалдырған күйі кері шегініп кетті.

Монғолдардың батысқа қарай жылжуы 1218 жылы қайта басталды. Осы жылы қаңлы, найман және керей тайпалары жайлаған Жетісу жеріне алғашқы соққы берілді. Бұл кезде Жетісуды наймандардың Күшлік ханы билеп тұрған еді. Оған қарсы Шыңғыс хан өзінің таңдаулы қолбасшыларының бірі Жебені жіберді. Монғолдар жергілікті халыққа ислам дінін жария түрде ұстануға рұқсат етіп, Күшліктің мұсылмандарды қудалауына байланысты халықтың наразылығын тиімді пайдаланды. Сонымен қатар Жетісу халқын өз жағына тарту үшін Шыңғыс хан бұл өлкеде тонаушылық пен қырғынға тиым салды. Көптеген елді мекендер, соның ішінде Баласағұн қаласы ұрыссыз берілді, ал Күшлікті монғолдар Бадахшанда ұстап, өлтірді.

Шығыс Түркістан мен Жетісуды басып алғаннан кейін монғолдарға  Оңтүстік Қазақстан мен Орта Азияға жол ашылды. Бұл өңірге басып кіруге «Отырар апаты» деп аталатын оқиға сылтау болды. 1218 жылы жазда Шыңғысханның тапсырмасымен құрамында көпестері мен монғол барлаушылары бар, барлығы 450 адамнан тұратын 500 түйеге теңделген жүгі бар керуен Отырарға аттанады. Отырар билеушісі Қайыр хан көпестерді жансыздар деп күдіктеніп, оларды өлтіруге бұйырады, керуен тоналады. Бұған шамданған Шыңғысхан оның қарымтасы ретінде хорезмшах Мұхаммедтен Қайыр ханды ұстап беруді талап етіп, елшілерін жібереді, ал хорезмшахтың келген елшілерді өлтіруі соғысқа сылтау болады.

Шыңғысхан Орта Азияны бағындыруға өз вассалдарының жасақтарымен қоса жалпы саны 150 мың адамы бар қалың қол жіберді. Әскери жорық 1219 жылы қыркүйекте Ертіс жағалауынан басталды. Отырар қаласы қоршауға алынды. Өзінің әскерін үш топқа бөлген Шыңғысхан бір бөлігін Отырарды алу үшін ұлдары Шағатай мен Үгедейге қалдырды, үлкен ұлы Жошы бастаған екінші бөлігін Сырдарияның төменгі ағысына аттандырды. Өзі Бұқараға бет алды. Отырар билеушісі Қайыр хан ерлікпен шайқасты, ол басқарған әскер мен қала тұрғындары басқыншыларға қарсы табан тіресе қарсылық көрсетті, қаланы 5 ай бойы ұстап тұрды. Бесінші айдың аяғында хорезмдік әскербасы Қараджа хаджиб опасыздық жасап, қаланың қақпасын ашып, 10 мың әскерімен монғолдар жағына шығып кетіп, оларды қалаға жіберіп қойды, кейін оның өзі осы опасыздығы үшін монғолдар тарапынан өлтірілді. Қайыр хан өз жауынгерлерімен қамалда тағы бір ай қорғанды. Бірақ күш тең болмады, қамал қиратылды, 1220 жылы ақпанда Отырар қаласы алынды, Қайыр хан қолға түсіп, қатал жазаланып өлтірілді.

Отырар сияқты Сыр бойындағы Сығанақ, Ашнас және т.б. қалалар тұрғындары да монғолдарға қатты қарсылық көрсетті. Араб және парсы тіліндегі тарихи деректерде монғолдар халқын түгелдей қырып, күл-талқан қиратқан отыз шақты қалалар аталады. Олардың ішінде оңтүстік-қазақстандағы Отырар, Сығанақ, Ашнас қалалары бар.

Монғолдар Сырдария өңіріндегі қалаларды бағындырып, Орта Азияға қарай ішкеріледі. Үргенішті қоршауға алу бірнеше айға созылды. Монғолдар Бұқарды, Самарқанды алды, Хорезмді жаулап алды. 1221 жылы көктемінде монғолдар Орта Азияны жаулап алуды аяқтады.

Енді соғыс Хорасан, Ауғанстан және Солтүстік Индия территориясына ауысты. Қолбасшылар Жебе мен Сүбедей нояндар  басқарған 30 мыңдық әскер Солтүстік Ираннан шығып, 1220 жылы Кавказға басып кірді. Бұл әскер армян, грузин, алан, қыпшақ және орыс әскерлерін Қалқа өзенінің бойында талқандап, 1224 жылы Шығыс Дешті Қыпшақ даласы арқылы Шыңғысханның Ертіс бойындағы ордасына оралды. Сөйтіп, 1219-1224 жж. монғол шапқыншылығы нәтижесінде Қазақстан Шыңғысхан империясының құрамына кірді.

Шыңғысхан көзінің тірісінде ұлан-байтақ аумақты алып жатқан жаулап алған жерлерін бәйбішесі Бөртеден туған ұлдарының санына қарай төрт ұлысқа бөлді. Кіші ұлы Төле Шыңғысханның негізгі жұртын – Монғолияның өзін, сондай-ақ монғолдың тұрақты 129 мың адамдық армиясының 101 мыңын иеленді. Үшінші ұлы Үгедейге Монғолияның батыс бөлігі, Жоңғария мен Шығыс Түркістан аймағы қарады. Оның ұлысының орталығы жоғарғы Ертіс пен Тарбағатай аймағында орналасты. Шыңғысханның екінші ұлы Шағатайдың иелігіндегі жерлер Оңтүстік Алтайдан Әмударияға дейінгі, яғни Жетісу мен Мәуераннахрды қамтыды. Шыңғысханның үлкен ұлы Жошының үлесі Ертістен батысқа қарай төменгі Еділге дейінгі жерді қоса бүкіл Шығыс Дешті Қыпшақты қамтыды. Сонымен Қазақстанның аумағы монғолдың үш ұлысының құрамына: үлкен бөлігі – Жошы ұлысының құрамына, Оңтүстік және Оңтүстік-Шығыс Қазақстан – Шағатай ұлысына, Жетісудың солтүстік-шығыс бөлігі – Үгедей ұлысына кірді.