Ибрахим Тамғаш Боғра-хан Батыс қағанаттың астанасын Үзгенттен Самархандқа көшіріп, Ферғананы өз иелігіне қосып алды. Егер орталығы Бұқарада жайласқан батыс хандыққа Мауереннахрдың Ходжентке дейінгі аумағы тиесілі болған болса, шығыс хандыққа Тараз, Исфиджаб, Шаш, Фергана, Жетісу және астанасы Балсағұнмен бірге Қашғар қарады.

1042 жылы Шығыс қағанаттың басшысы Арыслан-хан Сүлеймен (Шараф әд-Даула) өзіне Қашғар мен Баласағұнды қалдырып, қалған жерді өз әулетінің мүшелері арасында бөліп берді. Мемлекеттің дербес және жартылай тәуелді үлестерге бөлінуін заң жүзінде бекіту осылайша басталды. Бірақ билік үшін күрес мұнымен тоқтаған жоқ: 1056 жылы Яған-тегін Мұхаммед Боғра-хан өзінің ағасы Арыслан ханды және оның иелігін қирата жеңді, бірақ кейіннен өзі-де у беріп өлтірілді. Содан соң Боғра-ханның баласы Ибрагим мемлекет басшысы болып жарияланды, ол да көп ұзамай барысхандық билеуші Ийнал-тегінмен болған соғыста қаза тапты.

Содан кейін Шығыс қағанатта 15 жыл бойы, 1059 жылдан 1074 жылға дейін Қадыр-ханның балалары Жүсіп Тоғрыл-хан мен Боғрахан Харун қағанатты басқарды. Олардың кезінде екі қағанат арасындағы шекара Сырдария өзені арқылы өтті.
Таққа Тоғрыл-ханның баласы Тоғрыл-тегін отырғаннан кейін екі ай өткен соң оны Тоғрыл тегіннің немере, ағасы Боғра-хан Харун (1074–1102) ауыстырды, оның билігінде Баласағұн. Қашғар және Хотан болды.
Ол басшылық еткен тұста 1089 жылы Қарахандар мемлекеті селжүк сұлтаны Мәлік шахтың (1072–1092) тарапынан жасалған соққыны қабылдауға тура келді, ол Самархандты басып алды. Әскер Үзгентке жеткеннен кейін Боғра-хан өзін Мәлік-шахтың вассалымын деп мойындап, берілуге мәжбүр болды. Осылайша, Қарахандар мемлекеті селжүктердің жоғары билігінің қол астына түсті, бірақ олар Қарахандар әулеті мүшелерінің арасынан өздеріне қолайлы адамдарды хан етіп тағайындаумен ғана шектелді.

Сол кезде Қашғарды Тоғрыл (ол Тегіннің баласы болуы мүмкін) қоршап алды. Боғра-хан Харун тұтқынға алынып, Атбашидың билеушісі Якубтың ара түсуі арқасында тез арада босатып жіберілді. Мәлік-шах Якубпен келісім жасасып, Үзгенттен кетті.

1102 жылы Боғра-хан қайтыс болғаннан кейін Тараз бен Баласағұнның билеушісі Қадыр-хан Жебірейіл селжүктерге қарсы көтеріліске шықты. Ол Әмударияға дейінгі бүкіл жерді басып алып, селжүктерден Термезді-де тартып алуға тырысты, бірақ жеңіліс тауып, тұтқынға алынды және өлтірілді.
Санжар сұлтанның (1118–1157) билігі кезінде селжүктер Мауереннахрға барынша билік жүргізуге қол жеткізді. Бұл кезеңде Қарахандардың саяси тұрғыдан құлдырауы байқалды.
Селжүк сұлтаны Санжардың өкімімен Мауереннахрға Ибрахим Тамғаш-ханның шөбересі Арыслан-хан (1102–1130) билеуші болып тағайындалды, ол селжүктерге тәуелсіз саясат жүргізуге тырысты. Ол өзінің баласы Насырды тең басқарушы етіп тағайындады, бірақ мұсылман дінбасылардың астыртын сөз байласуы нәтижесінде Насыр өлтірілді. Сонда Арыслан-хан Санжар сұлтанды көмекке шақырды, ол әскерімен Мауереннахрға қарай беттеп, 1130 жылы Самархандты қоршады және оны басып алды. Ауыр науқасқа шалдыққан Арыслан-хан көп ұзамай Балхта қайтыс болды.
ХІІ ғасырдың бірінші жартысында Қарахандар мемлекеті іс жүзінде тарих сахнасынан кетті деуге болады. Бұл Жетісу мен Баласағұнды, кейіннен шығыс Қарахандардың бүкіл иелігін басып алған қара қытайлардың шабуылы нәтижесінде орын алды. Қара қытайлар содан соң мемлекеттің батыстағы иеліктеріне көз аларта бастады.

1141 жылы Қарахан-селжүк әскері қирай жеңілгеннен кейін Қарахандар мемлекетінің екі хандығының да билігі қара қытайлардың қолына көшті. 1210 жылы қара қытайлар наймандарды жеңгеннен кейін шығыс Қарахандар әулеті өзінің өмір сүруін тоқтатты. Ал 1212 жылы Хорезм шахы Мұхаммед батыс қағанаттың соңғы қағаны самарқандтық Османды өлтірді.